Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 UBE2R2-201ENST00000263228 4075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 PTCH1-201ENST00000331920 8057 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC16.31■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC16.31■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC16.31■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 SSFA2-201ENST00000320370 4965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 ZNF500-201ENST00000219478 5880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 PPFIA3-201ENST00000334186 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 THOP1-205ENST00000586677 1872 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 CNTLN-202ENST00000380647 5576 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 SIPA1-209ENST00000534313 3521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 LITAF-209ENST00000571688 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 TRIM11-202ENST00000366699 2511 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 GAS7-203ENST00000432992 4970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 ATRIP-203ENST00000357105 2403 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 SYVN1-201ENST00000294256 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 KLC2-201ENST00000316924 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 TMEM189-UBE2V1-201ENST00000341698 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 ANKRD24-202ENST00000318934 3906 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 EIF4H-202ENST00000353999 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 ORAI2-202ENST00000403646 2528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 C1orf159-205ENST00000421241 1841 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 ZAP70-201ENST00000264972 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 RGS11-202ENST00000316163 2376 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 IGFBP3-203ENST00000381086 2322 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 PRX-202ENST00000324001 4855 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 SAMD11-202ENST00000342066 2551 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 SAMD11-217ENST00000622503 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 NMD3-202ENST00000460469 3061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 IL27RA-201ENST00000263379 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 KDM4B-211ENST00000611640 5703 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 NFATC4-222ENST00000555590 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 RBCK1-202ENST00000356286 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 BIN1-208ENST00000376113 1832 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 HOTTIP-202ENST00000472494 2285 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 VAV2-201ENST00000371850 4837 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 MIB2-202ENST00000378708 3012 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 ZNF114-206ENST00000600687 1742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC16.29■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC16.29■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 AP3D1-202ENST00000355272 5034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 RNF2-201ENST00000367509 1677 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 SEPHS1-201ENST00000327347 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 PMS1-213ENST00000441310 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 ACBD3-201ENST00000366812 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 TACC3-201ENST00000313288 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 SLC22A11-202ENST00000377581 1975 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 AKIRIN1-202ENST00000432648 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 AL138828.1-202ENST00000576956 1881 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 AK4-207ENST00000545314 6887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 NFATC4-203ENST00000422617 5491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 COL9A1-201ENST00000320755 3059 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 TDRD6-203ENST00000544460 8887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 ZGLP1-202ENST00000403903 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 SEMA6C-209ENST00000613223 1950 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 POLR3D-201ENST00000306433 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
SCN1BQ07699 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.3 ms