Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 BLOC1S1-204ENST00000549147 1229 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 AC027796.2-201ENST00000575326 344 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 HNF4A-208ENST00000609795 1192 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 SPAG1-206ENST00000520643 1723 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 KLK5-201ENST00000336334 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 ACBD6-201ENST00000367595 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 SEPT9-246ENST00000592951 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 FOXP3-201ENST00000376197 1326 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 KHNYN-206ENST00000556842 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 FAM3A-201ENST00000322269 1815 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 FAM172A-207ENST00000509739 1031 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 AC069287.3-201ENST00000527297 589 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 CD63-204ENST00000546939 779 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 PAX9-204ENST00000554201 1289 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 AC133919.2-201ENST00000565965 589 ntTSL 4 BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 SLC9A3R2-208ENST00000566198 1199 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 AC025062.2-201ENST00000605477 670 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 ASAH1-255ENST00000637638 699 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 SYT15-201ENST00000374321 1369 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 TRABD2A-202ENST00000409133 1554 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 KLF6-204ENST00000469435 2169 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 NAF1-202ENST00000422287 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 AP002414.3-201ENST00000589352 1468 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 CLDN7-202ENST00000397317 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 CENPM-204ENST00000402420 688 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 RNA5SP415-201ENST00000517246 115 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 LDLRAD2-203ENST00000543870 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 UBE2Q2P1-205ENST00000559871 534 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 NAA60-217ENST00000572942 1089 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 PNMT-203ENST00000581428 677 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 AL022328.4-201ENST00000608025 1001 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 HMGN3-203ENST00000620514 1010 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 ASMTL-201ENST00000381317 2027 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 CBLC-202ENST00000341505 1441 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 TSPAN32-201ENST00000182290 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 TSPAN32-217ENST00000612299 1301 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 HSP90B1-210ENST00000614327 1338 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 SAMD11-216ENST00000620200 1874 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 CXorf58-201ENST00000379211 1752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 AC063977.6-201ENST00000600074 1763 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 TNFSF14-202ENST00000599359 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 EXOSC5-201ENST00000221233 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 IGKV4-1-201ENST00000390243 538 ntAPPRIS P1 BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 AC021188.1-201ENST00000421534 740 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 FIS1-203ENST00000442303 631 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 RPS27L-204ENST00000455271 923 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 AC012363.1-201ENST00000455707 575 ntTSL 4 BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 AP005233.2-201ENST00000561588 372 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 COQ7-208ENST00000568985 714 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 Z83851.2-201ENST00000609564 659 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 TEKT5-201ENST00000283025 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 AP005117.1-201ENST00000584346 1413 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 LEXM-201ENST00000358193 1777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 AC022898.2-201ENST00000616822 1312 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 ASZ1-201ENST00000284629 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 DPM3-203ENST00000368400 409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 ICAM4-202ENST00000380770 1211 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 POM121L12-201ENST00000408890 1283 ntAPPRIS P1 BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 AP000688.4-201ENST00000436303 446 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 RBSN-204ENST00000449050 903 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 AC009533.2-201ENST00000543664 586 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 AP001160.2-201ENST00000596071 487 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 CCL3-204ENST00000613922 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 ENOPH1-202ENST00000505846 1689 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 FBLN7-202ENST00000331203 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 ILDR1-203ENST00000393631 1456 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 TCTA-201ENST00000273590 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 TCTN1-223ENST00000550703 2149 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
COL4A3Q01955 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30 ms