Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 SELENOM-201ENST00000400299 694 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 CENPM-204ENST00000402420 688 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 AC004832.2-201ENST00000426397 482 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 ALG1L5P-201ENST00000482043 771 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 AC011498.3-201ENST00000590159 569 ntTSL 4 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 HEXIM2-207ENST00000592695 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 AC005256.1-202ENST00000592934 415 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 RAB34-226ENST00000636772 1180 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 ARSA-203ENST00000395619 1824 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 PTGIR-201ENST00000291294 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 PLEKHA2-206ENST00000521746 2127 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 HLA-J-201ENST00000462773 1622 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 TRMT2A-203ENST00000404751 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 URGCP-206ENST00000446958 365 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 AC091182.1-202ENST00000518765 713 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 KIRREL3-AS1-201ENST00000548204 586 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 ZNF772-206ENST00000600175 737 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 PIK3R1-201ENST00000320694 2625 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 TCEAL4-201ENST00000372629 1511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 AMZ2-203ENST00000392720 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 ARAP1-AS1-201ENST00000542022 388 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 AC040169.1-201ENST00000565382 521 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 PLAUR-201ENST00000221264 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 ZNF768-202ENST00000562803 1999 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 LINC02138-201ENST00000378340 1326 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 EXO5-202ENST00000358527 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 RUSC1-214ENST00000490373 1700 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 KXD1-201ENST00000222307 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 OPRK1-202ENST00000520287 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 NXPH2-201ENST00000272641 1052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 PF4-201ENST00000296029 604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 FUOM-202ENST00000368551 628 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 AL450267.1-201ENST00000557174 520 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 AP001160.2-201ENST00000596071 487 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 AL022328.4-201ENST00000608025 1001 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 GAK-222ENST00000618573 1248 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 APOA4-201ENST00000357780 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 ATPIF1-202ENST00000465645 1855 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 RGS11-203ENST00000359740 1371 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 AC105285.1-202ENST00000499322 1866 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 USP39-202ENST00000409025 1946 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 ZNF295-AS1-202ENST00000429739 783 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 AC068389.2-201ENST00000529518 430 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 AC008687.7-201ENST00000593309 920 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 TMUB2-213ENST00000589856 1505 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 OARD1-202ENST00000424266 1337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 AQP5-201ENST00000293599 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 STARD7-AS1-202ENST00000446816 1527 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 AC073621.1-201ENST00000392730 636 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 FIS1-203ENST00000442303 631 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 NDUFB2-208ENST00000471136 499 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 KLK12-203ENST00000525263 1077 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 UNC93B6-202ENST00000528242 690 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 LINC01413-201ENST00000564843 772 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 SMN2-216ENST00000638794 846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 SYCE1-203ENST00000368517 1377 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 CBWD2-204ENST00000433343 1411 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 FAM157B-201ENST00000446912 1795 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 AC010460.3-201ENST00000511359 1579 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 NOX4-207ENST00000525196 1555 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 MIR503HG-203ENST00000441492 649 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 AL133375.1-201ENST00000500590 980 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 AL589182.1-202ENST00000548416 533 ntTSL 4 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 ETFA-208ENST00000559602 792 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 AC018529.2-201ENST00000612024 828 ntTSL 4 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 CAND2-206ENST00000626378 333 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 LINC00602-201ENST00000629776 2065 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 AIPL1-209ENST00000575265 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 SDCBP2-204ENST00000381812 1550 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SHANK3Q9BYB0 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.2 ms