Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 MIR4674-201ENST00000582457 87 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 MIR3180-5-201ENST00000583743 153 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 BORCS6-201ENST00000389017 2575 ntAPPRIS P1 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 GTF2H4-201ENST00000259895 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 NLE1-201ENST00000360831 1726 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 TOR2A-205ENST00000463577 2211 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 CCT4-204ENST00000544079 2261 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 SYT15-202ENST00000374323 6428 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 ZDHHC8P1-204ENST00000433168 2309 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 ARID3C-201ENST00000378909 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 ALDH3A1-206ENST00000457500 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 PNLDC1-207ENST00000610273 1940 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 XKR6-203ENST00000416569 3382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 SAYSD1-201ENST00000229903 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 CD40-201ENST00000372276 1623 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 ZNF133-211ENST00000538547 2245 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 ELP5-214ENST00000574993 2209 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 AC090206.1-201ENST00000615734 1678 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 ST6GALNAC6-201ENST00000291839 2280 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 ETV7-202ENST00000340181 1719 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 WNK1-206ENST00000535572 9886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 ATRIP-203ENST00000357105 2403 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 LRP4-201ENST00000378623 8076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 SHISA3-201ENST00000319234 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 SARAF-214ENST00000545648 1976 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 FERMT2-204ENST00000399304 2082 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 SPTBN4-212ENST00000598249 8070 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 NRG2-205ENST00000361474 3020 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 KDM1A-202ENST00000400181 3059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 MYO1B-204ENST00000392318 5082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 CMPK2-201ENST00000256722 2884 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 HNRNPUL1-203ENST00000378215 2864 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 IPMK-201ENST00000373935 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 USP18-201ENST00000215794 2129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 MED9-201ENST00000268711 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 STIM2-212ENST00000639640 2241 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 PTPN12-201ENST00000248594 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 AC099343.3-201ENST00000605834 2503 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 ICAM4-202ENST00000380770 1211 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 XKR8-201ENST00000373884 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 HEXIM2-201ENST00000307275 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 EGFL7-204ENST00000406555 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 PHKG2-202ENST00000424889 1566 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 SERPINE2-206ENST00000447280 1716 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 ELMOD1-202ENST00000443271 1990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 APMAP-201ENST00000217456 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 GSDMD-206ENST00000526406 2496 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 C18orf63-201ENST00000579455 5127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 PDLIM3-201ENST00000284767 2589 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 PARD3-205ENST00000374773 3420 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 CYP4F2-201ENST00000011989 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 SLC8A3-202ENST00000356921 5250 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 PCDH7-201ENST00000361762 6403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 PPAN-P2RY11-201ENST00000393796 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 OARD1-202ENST00000424266 1337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 PANX1-202ENST00000436171 2750 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 MRM2-203ENST00000440306 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 GMCL1P1-201ENST00000463439 1581 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 AC098864.1-204ENST00000513752 805 ntTSL 4 BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 WSCD1-209ENST00000574232 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS39Q96JC1 AC008763.3-201ENST00000597959 777 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.36■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.4 ms