Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 TMTC2-201ENST00000321196 5681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 TBXA2R-204ENST00000589966 1814 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 SAMD3-202ENST00000368134 2377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 CHD1L-204ENST00000431239 2907 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 PLPPR4-202ENST00000370185 5369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 MRM2-203ENST00000440306 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 GMCL1P1-201ENST00000463439 1581 ntBASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 RPL32-202ENST00000396953 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 FLJ13224-201ENST00000313737 1514 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 NECTIN3-206ENST00000485303 3664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 MDGA2-202ENST00000399232 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 LRRC43-201ENST00000339777 2028 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 DNM1-206ENST00000475805 2710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 DIDO1-201ENST00000266070 8574 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 BRPF1-201ENST00000383829 4736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 AC098864.1-204ENST00000513752 805 ntTSL 4 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 ATP1B1-202ENST00000367816 2608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 ZNF451-203ENST00000370706 5268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 SLC37A2-203ENST00000403796 2910 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 PLXND1-201ENST00000324093 7094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 DBX1-201ENST00000524983 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 MIB1-201ENST00000261537 9576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 CARNS1-205ENST00000531040 2968 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 GIT2-202ENST00000354574 5387 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 NAP1L5-201ENST00000323061 2321 ntAPPRIS P1 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 CACTIN-201ENST00000221899 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 FIBIN-201ENST00000318627 1938 ntAPPRIS P1 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 TDP2-202ENST00000378198 2071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 BANP-223ENST00000538234 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 ISY1-201ENST00000273541 1704 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 SBNO2-204ENST00000587024 4861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 MAST3-201ENST00000262811 5896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 AC142086.1-202ENST00000398669 1839 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 CYP2D7-201ENST00000358097 1655 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 BBS5-202ENST00000392663 3107 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 SATB2-202ENST00000417098 5730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 TXNRD3-202ENST00000523403 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 MAN2A2-216ENST00000559717 6704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 TMPRSS12-201ENST00000398458 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 CCDC3-201ENST00000378825 2731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 PRODH-205ENST00000420436 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 POR-209ENST00000439269 1858 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 MBD1-206ENST00000382948 2434 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 SERPINE2-206ENST00000447280 1716 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 PNPO-201ENST00000225573 2256 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 FZD4-201ENST00000531380 7383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 KIF16B-201ENST00000354981 5261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 ASCL5-202ENST00000458416 1420 ntAPPRIS P1 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 PLK1-201ENST00000300093 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 LRP3-201ENST00000253193 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 AC008763.3-201ENST00000597959 777 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 AC135776.1-201ENST00000319817 2481 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 HEXIM2-201ENST00000307275 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 KIF5C-201ENST00000435030 6931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 MINPP1-201ENST00000371994 2183 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 LRRC25-201ENST00000339007 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.3 ms