Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 CASR-204ENST00000638421 5088 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP4Q13107 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP4Q13107 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP4Q13107 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP4Q13107 Z98044.1-201ENST00000632503 1764 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
USP4Q13107 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP4Q13107 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP4Q13107 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP4Q13107 NADK-201ENST00000341426 3235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP4Q13107 AC093734.1-201ENST00000416100 242 ntTSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP4Q13107 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP4Q13107 PRELID1P1-202ENST00000567272 903 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
USP4Q13107 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP4Q13107 ANAPC11-217ENST00000579978 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP4Q13107 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP4Q13107 BEAN1-211ENST00000622872 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP4Q13107 P2RX2-206ENST00000389110 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP4Q13107 WFDC1-203ENST00000568638 1319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP4Q13107 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP4Q13107 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
USP4Q13107 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP4Q13107 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP4Q13107 SLC35G2-202ENST00000446465 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP4Q13107 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP4Q13107 KRT8-216ENST00000552551 2126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP4Q13107 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP4Q13107 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP4Q13107 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP4Q13107 PPIH-202ENST00000372549 327 ntTSL 3 BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP4Q13107 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP4Q13107 FNDC5-205ENST00000496770 837 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP4Q13107 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP4Q13107 AL390719.2-201ENST00000606993 987 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
USP4Q13107 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP4Q13107 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP4Q13107 VPS37D-202ENST00000451519 1303 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP4Q13107 UBC-206ENST00000538617 1303 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP4Q13107 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP4Q13107 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP4Q13107 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
USP4Q13107 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP4Q13107 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
USP4Q13107 PTX4-201ENST00000293922 1422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP4Q13107 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP4Q13107 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP4Q13107 CROCCP3-202ENST00000420820 1947 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 INTS11-249ENST00000618806 1523 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 BEGAIN-211ENST00000637646 2911 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 Z83836.1-201ENST00000624605 1642 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 WNT6-201ENST00000233948 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 CHIC2-201ENST00000263921 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 ISG15-201ENST00000379389 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 RPL28-210ENST00000560583 1204 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 TPSP2-201ENST00000561760 610 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 ZNF524-203ENST00000591046 1260 ntAPPRIS P1 BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 KISS1R-203ENST00000606939 964 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 C6orf136-203ENST00000376473 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 NBL1-212ENST00000621723 2133 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 ZXDB-201ENST00000374888 5894 ntAPPRIS P1 BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 RNF128-201ENST00000255499 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
USP4Q13107 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC19.14■□□□□ 0.66
USP4Q13107 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
USP4Q13107 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC19.14■□□□□ 0.66
USP4Q13107 OTOP3-201ENST00000328801 2363 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.66
USP4Q13107 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 TIMM50-202ENST00000544017 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 DRAXINP1-201ENST00000437611 948 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 AP003733.1-201ENST00000491725 852 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 LINC02237-202ENST00000521904 477 ntTSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
USP4Q13107 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
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