Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 BAIAP2L2-201ENST00000332536 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 AC087289.2-201ENST00000587267 1419 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 TPSAB1-202ENST00000461509 1357 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 LCN2-203ENST00000373017 848 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 ARHGAP11B-201ENST00000428041 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 ADH5P3-201ENST00000433842 1137 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 HYPK-202ENST00000442995 1051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 AC034243.1-201ENST00000520838 587 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 SDHAP2-201ENST00000455183 2001 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 PRICKLE4-204ENST00000458694 1646 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 GFI1B-208ENST00000636263 1604 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 PUDP-203ENST00000424830 1334 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 LMX1B-203ENST00000526117 1195 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 STT3A-AS1-201ENST00000530526 429 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 RNF34-208ENST00000555076 593 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 NKAIN2-201ENST00000368416 1106 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 HMGN4-201ENST00000377575 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 CD99-204ENST00000381187 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 VPS13A-AS1-201ENST00000415172 519 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 SRP19-202ENST00000445150 833 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 AKR1A1-204ENST00000471651 1018 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 SMIM29-206ENST00000476320 1297 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 HOXC-AS3-202ENST00000513165 533 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 BRICD5-202ENST00000562360 783 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 PDPK2P-202ENST00000562415 1191 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 AL590999.1-203ENST00000606829 542 ntTSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 AL022326.1-202ENST00000641533 845 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 RPS12-201ENST00000230050 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 AL031432.2-201ENST00000566714 459 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 AL928711.1-201ENST00000570165 459 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 RUSC1-214ENST00000490373 1700 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 FBXL20-205ENST00000583610 1739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 NADK2-206ENST00000506945 1437 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 MRGPRF-202ENST00000320913 705 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 CBR1-202ENST00000399191 838 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 CAMKMT-204ENST00000407131 652 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 AL096828.1-201ENST00000423020 542 ntTSL 4 BASIC22.15■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 PNPO-202ENST00000434554 1196 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 PTGES3-205ENST00000456859 957 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 SEC24B-AS1-203ENST00000505895 800 ntTSL 4 BASIC22.15■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 RIN3-211ENST00000557762 517 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 AQP5-201ENST00000293599 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 COPS8-202ENST00000392008 1654 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 SLBP-201ENST00000318386 1635 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 AC105339.1-201ENST00000440089 1362 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 KIF25-202ENST00000354419 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 SERHL2-203ENST00000340239 1315 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 AC055811.2-201ENST00000427497 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 CHAC1-202ENST00000446533 1849 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 BX890604.1-208ENST00000490920 726 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 WDR25-203ENST00000542471 1214 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 RAB3D-202ENST00000589655 924 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 AC005593.1-201ENST00000624894 515 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 LPAR3-201ENST00000370611 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 AC125437.2-201ENST00000625180 2167 ntBASIC22.14■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 ATPIF1-201ENST00000335514 494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 GPX7-201ENST00000361314 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 NDUFA4L2-201ENST00000393825 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 KNCN-203ENST00000481882 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 AC004771.3-201ENST00000574260 551 ntTSL 4 BASIC22.14■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 AC010654.1-201ENST00000615722 808 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 AD001527.2-201ENST00000622994 785 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 AC244517.11-201ENST00000624192 573 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 INPP5J-204ENST00000402238 1564 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 PRKN-202ENST00000366892 1505 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.7 ms