Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 ELANE-201ENST00000263621 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 STRA8-201ENST00000275764 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 DUSP15-204ENST00000398083 1212 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 AC246785.2-201ENST00000432512 513 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 AC234772.2-201ENST00000456532 375 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 RN7SL606P-201ENST00000472779 293 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 VENTXP7-201ENST00000475503 772 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 ZNF524-203ENST00000591046 1260 ntAPPRIS P1 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 AC009154.2-201ENST00000621177 724 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 LRRC27-201ENST00000344079 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 MCOLN2-201ENST00000284027 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 S100A3-201ENST00000368712 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 AC093585.1-201ENST00000425183 428 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 MIMT1-202ENST00000599641 1290 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 LINC01714-202ENST00000635451 896 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 IQSEC1-201ENST00000273221 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 ALDOC-201ENST00000226253 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 AC135782.1-201ENST00000537498 2154 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 TMEM177-204ENST00000424086 1738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 SLMAP-201ENST00000295951 5433 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 KCNMB3-202ENST00000349697 1228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 FAM239B-201ENST00000381106 1099 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 RPL36-202ENST00000394580 556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 AP002383.4-201ENST00000442518 975 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 AP002414.4-201ENST00000589764 1148 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 AC124016.1-202ENST00000609575 619 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 DAG1-221ENST00000541308 5676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 CDHR5-201ENST00000349570 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 LINC01700-201ENST00000433952 1598 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 PRELID3A-203ENST00000587735 1694 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 BIRC7-203ENST00000395306 593 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 AGBL5-AS1-201ENST00000444217 407 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 CHRNB1-207ENST00000575379 1095 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 ZNF549-203ENST00000594943 556 ntTSL 4 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 AC243773.1-201ENST00000614759 544 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 KCNMA1-278ENST00000640141 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 OBSL1-203ENST00000373876 5503 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 NECAB1-201ENST00000417640 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 FAM110A-203ENST00000381939 1737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 RNF167-205ENST00000571816 1728 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 FMR1-207ENST00000439526 3699 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 EXO5-202ENST00000358527 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 CHID1-203ENST00000436108 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 THAP3-203ENST00000377627 2053 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 KHNYN-206ENST00000556842 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 TMC5-203ENST00000396229 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 PTX4-201ENST00000293922 1422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.6 ms