Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 STRN3-202ENST00000357479 2799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 KHNYN-206ENST00000556842 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 TMEM132E-201ENST00000321639 5631 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 DNM1-211ENST00000627061 2724 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 MECP2-205ENST00000453960 1729 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 PLEKHM2-201ENST00000375793 4004 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 STXBP2-203ENST00000441779 1914 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 RUNX1-201ENST00000300305 6222 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 TUBGCP3-202ENST00000375669 2723 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 ANKRD17-211ENST00000639793 3486 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 HHATL-201ENST00000310417 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 GABRB3-202ENST00000311550 5781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 PPP1R3G-201ENST00000405617 4907 ntAPPRIS P1 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 HARBI1-201ENST00000326737 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 ACSF2-201ENST00000300441 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 GALNT14-202ENST00000349752 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 CABIN1-202ENST00000337989 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 MCU-201ENST00000357157 2874 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 AC093677.2-201ENST00000600169 1863 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 CCDC43-201ENST00000315286 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 ERICH1-201ENST00000262109 1813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 KCNT1-202ENST00000371757 4717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 AC009065.1-201ENST00000564055 1225 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 MIR3180-5-201ENST00000583743 153 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 MSI2-203ENST00000416426 1714 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 OGFOD2-222ENST00000545317 1481 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 FBXL15-201ENST00000224862 2362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 SPNS3-201ENST00000355530 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 RBM24-202ENST00000379052 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 NADK-201ENST00000341426 3235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 GTF2IP4-202ENST00000544802 3609 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 BAG3-201ENST00000369085 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 HNRNPU-205ENST00000444376 6827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 DHRS2-201ENST00000250383 1705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 GTF2H4-201ENST00000259895 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 FAM110A-203ENST00000381939 1737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 MARK4-210ENST00000620044 2105 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 ELAC2-202ENST00000395962 2924 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 THAP12-201ENST00000260045 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 TNFAIP1-202ENST00000544907 1656 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 OLFM2-203ENST00000590841 1665 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 SENP6-205ENST00000447266 6501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 PGLYRP2-202ENST00000340880 2230 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.1 ms