Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 BUB3-201ENST00000368858 1361 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 SYBU-232ENST00000533171 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 TRABD-203ENST00000395827 2172 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 UBC-206ENST00000538617 1303 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 ASGR1-208ENST00000574388 1552 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 AC141586.3-201ENST00000562166 1838 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 YBEY-201ENST00000329319 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 YBEY-206ENST00000397701 744 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 ASAH1-251ENST00000637561 929 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 TEPSIN-213ENST00000637944 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 DPAGT1-203ENST00000409993 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 SLC1A6-210ENST00000600144 1735 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 AC016757.1-205ENST00000470346 1888 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 RNF167-205ENST00000571816 1728 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 LINC01586-201ENST00000506090 1840 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 GJC3-201ENST00000312891 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 LCE1F-201ENST00000334371 357 ntAPPRIS P1 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 CHCHD1-201ENST00000372833 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 FAM239B-201ENST00000381106 1099 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 AC079848.1-202ENST00000507924 444 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 AC074051.2-201ENST00000565115 352 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 AC092338.2-202ENST00000567158 611 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 AC010240.3-201ENST00000607688 395 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 IRS2-201ENST00000375856 8138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 CA9-201ENST00000378357 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 ABHD14B-204ENST00000461108 1397 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 FAM20B-201ENST00000263733 5984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 RCAN3-205ENST00000436717 2574 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 EXOSC4-201ENST00000316052 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 KCNAB2-205ENST00000378092 1202 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 VKORC1-205ENST00000394975 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 AC093734.1-201ENST00000416100 242 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 AL671883.3-201ENST00000603274 991 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 EEF1E1-202ENST00000429723 562 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 KRT16P4-201ENST00000453883 522 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.7 ms