Protein–RNA interactions for Protein: Q06945

SOX4, Transcription factor SOX-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX4Q06945 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 NFIB-201ENST00000380921 1274 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 UNC93B7-201ENST00000509439 705 ntBASIC19.6■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC19.6■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 IRF5-214ENST00000613821 595 ntTSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 Metazoa_SRP.104-201ENST00000622099 280 ntBASIC19.6■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 LINC01714-202ENST00000635451 896 ntTSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 ALDH5A1-201ENST00000348925 2266 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 C5orf30-203ENST00000515669 1573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.6■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 XYLT2-203ENST00000507602 2107 ntTSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 PPP1R3F-202ENST00000376188 2443 ntTSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 LINC00167-201ENST00000530583 1419 ntBASIC19.59■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 RPS6KA1-203ENST00000374166 3131 ntTSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 IGF2-207ENST00000434045 1583 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 CXorf40A-202ENST00000393985 1148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 AC131097.3-201ENST00000413820 1228 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 NUS1P1-201ENST00000446295 882 ntBASIC19.59■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 PHGR1-201ENST00000448599 436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC19.59■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 SLC9A3R2-208ENST00000566198 1199 ntTSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC19.59■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 LIPG-203ENST00000577628 2323 ntTSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 KLHL2-201ENST00000226725 3134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 ANKRD24-201ENST00000262970 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 NFATC4-228ENST00000556759 2025 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 INPP5J-203ENST00000401755 1751 ntTSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
SOX4Q06945 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC19.58■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 MEF2B-202ENST00000409447 1297 ntTSL 3 BASIC19.58■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 AC074051.2-201ENST00000565115 352 ntBASIC19.58■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC19.58■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 AL732292.2-201ENST00000609649 430 ntBASIC19.58■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC19.58■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 PSTK-201ENST00000368887 1705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC19.58■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 ATPIF1-202ENST00000465645 1855 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 ARHGEF2-204ENST00000368315 1645 ntTSL 5 BASIC19.58■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 LRRC27-201ENST00000344079 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 ACHE-205ENST00000419336 1906 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 KRT9-201ENST00000246662 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 LRRC61-201ENST00000323078 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 AKR7L-201ENST00000420396 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC19.57■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 AC093585.1-201ENST00000425183 428 ntTSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC19.57■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 ANAPC11-204ENST00000571024 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 AC007220.1-201ENST00000572466 1055 ntTSL 3 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 ANAPC11-218ENST00000582222 523 ntTSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 SMN2-213ENST00000614240 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 SPINK2-205ENST00000616980 677 ntTSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 EML2-AS1-203ENST00000623430 886 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
SOX4Q06945 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.4 ms