Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
LIG1P18858 PROSER2-201ENST00000277570 3333 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIG1P18858 QPCTL-202ENST00000366382 1814 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIG1P18858 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIG1P18858 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIG1P18858 WDR25-202ENST00000402312 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIG1P18858 AC027097.1-202ENST00000592201 1954 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIG1P18858 TMEM234-203ENST00000373593 1411 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIG1P18858 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIG1P18858 COQ9-210ENST00000567072 1482 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIG1P18858 APBB1-215ENST00000608394 2128 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIG1P18858 APBB1-222ENST00000610474 2147 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIG1P18858 PRKAR2A-201ENST00000265563 6471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIG1P18858 C19orf57-208ENST00000591586 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIG1P18858 MFSD11-220ENST00000621483 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIG1P18858 CD40-201ENST00000372276 1623 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIG1P18858 MINOS1-NBL1-204ENST00000602662 1623 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIG1P18858 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIG1P18858 PYGL-201ENST00000216392 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIG1P18858 MYZAP-201ENST00000267853 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIG1P18858 TMEM198-201ENST00000344458 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIG1P18858 MOAP1-201ENST00000298894 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIG1P18858 SLX1B-SULT1A4-201ENST00000344620 2424 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIG1P18858 VPS26A-202ENST00000373382 3229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIG1P18858 KRT16P6-201ENST00000417510 1873 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIG1P18858 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIG1P18858 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
LIG1P18858 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIG1P18858 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIG1P18858 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIG1P18858 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIG1P18858 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIG1P18858 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
LIG1P18858 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIG1P18858 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
LIG1P18858 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
LIG1P18858 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIG1P18858 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIG1P18858 KANK3-205ENST00000610351 1191 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIG1P18858 SPPL2C-201ENST00000329196 2238 ntAPPRIS P1 BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIG1P18858 LGALS9-202ENST00000313648 1378 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIG1P18858 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIG1P18858 ARMC10-209ENST00000454559 2347 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIG1P18858 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIG1P18858 FAM50B-201ENST00000380272 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIG1P18858 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIG1P18858 AC090206.1-201ENST00000615734 1678 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIG1P18858 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIG1P18858 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIG1P18858 LINC00896-202ENST00000609602 2128 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
LIG1P18858 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIG1P18858 DVL2-209ENST00000575458 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIG1P18858 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
LIG1P18858 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIG1P18858 FAM207BP-201ENST00000447172 505 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
LIG1P18858 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIG1P18858 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIG1P18858 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIG1P18858 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
LIG1P18858 KAZN-208ENST00000636203 6874 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIG1P18858 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIG1P18858 RCC2P3-201ENST00000418112 1537 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
LIG1P18858 KANK4-204ENST00000371153 4665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIG1P18858 SEC61A2-201ENST00000298428 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIG1P18858 POR-209ENST00000439269 1858 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIG1P18858 GTF2IRD2-207ENST00000625377 1910 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIG1P18858 FERMT2-204ENST00000399304 2082 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIG1P18858 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
LIG1P18858 GAB1-201ENST00000262994 2648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIG1P18858 ZNF133-212ENST00000622607 2660 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIG1P18858 NUDT19-201ENST00000397061 2967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIG1P18858 NLGN2-204ENST00000575301 4374 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIG1P18858 FBXL5-202ENST00000412094 2837 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIG1P18858 ZNF22-201ENST00000298299 2551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIG1P18858 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIG1P18858 COL4A3BP-201ENST00000261415 2262 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIG1P18858 HOTTIP-202ENST00000472494 2285 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIG1P18858 MXRA8-202ENST00000342753 2231 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIG1P18858 TPD52L1-202ENST00000368388 2147 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIG1P18858 ALDH3A1-206ENST00000457500 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIG1P18858 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIG1P18858 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIG1P18858 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIG1P18858 MROH1-202ENST00000423230 1712 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIG1P18858 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIG1P18858 NUDT4-202ENST00000415493 4839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIG1P18858 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIG1P18858 IL17C-201ENST00000244241 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIG1P18858 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIG1P18858 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIG1P18858 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIG1P18858 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIG1P18858 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIG1P18858 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIG1P18858 MARK4-211ENST00000622871 1147 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIG1P18858 ARHGEF28-204ENST00000437974 5792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIG1P18858 MCTP1-218ENST00000515393 5396 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIG1P18858 RELA-226ENST00000612991 2266 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIG1P18858 SLC12A4-201ENST00000316341 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIG1P18858 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.7 ms