Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 PCDHB18P-201ENST00000524813 2368 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 FAM135A-209ENST00000505769 4806 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 LYSMD4-201ENST00000332728 2847 ntTSL 4 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 PRODH-205ENST00000420436 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 SYNPO-201ENST00000307662 5374 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 MECP2-205ENST00000453960 1729 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 MB21D2-201ENST00000392452 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 PHRF1-202ENST00000413872 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 SLC44A3-201ENST00000271227 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 SERPINH1-215ENST00000533603 2299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 AC027097.1-202ENST00000592201 1954 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 TBC1D20-201ENST00000354200 4466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 APOA5-201ENST00000227665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 BMPER-201ENST00000297161 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 AC118553.2-202ENST00000638792 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 HERPUD2-202ENST00000396081 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 ESPNP-201ENST00000270691 2015 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 STX11-201ENST00000367568 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 FBF1-205ENST00000586717 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 SF1-203ENST00000377387 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 CIRBP-202ENST00000413636 1606 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 KLF6-204ENST00000469435 2169 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 ADRA1A-205ENST00000380582 2089 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 RABEP1-202ENST00000537505 5365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 KMT2E-207ENST00000476671 2523 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 KDSR-202ENST00000406396 5447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 CACNA1A-214ENST00000614285 8410 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 PANX1-201ENST00000227638 2769 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 ZNF131-206ENST00000505606 3209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 TADA3-202ENST00000343450 2554 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 COL4A3BP-201ENST00000261415 2262 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 MLXIP-201ENST00000319080 8427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 FMR1-206ENST00000370477 3437 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 RELL2-201ENST00000297164 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 CYP7B1-201ENST00000310193 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 RBCK1-203ENST00000382181 2208 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 FBXO44-201ENST00000251546 1896 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 FLYWCH1P1-201ENST00000460917 1874 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 EFEMP2-210ENST00000528176 1504 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 COL27A1-201ENST00000356083 7790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 CCDC177-201ENST00000599174 4131 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 DCLK1-203ENST00000379892 2101 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 MALT1-202ENST00000348428 9368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 ULK3-220ENST00000569437 2611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 PLEKHB1-203ENST00000398492 2275 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 FIBIN-201ENST00000318627 1938 ntAPPRIS P1 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 ANKRD13B-209ENST00000614878 2670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 RNF217-211ENST00000560949 5145 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 AC005865.2-201ENST00000505276 2303 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 MSI2-203ENST00000416426 1714 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 CD8A-202ENST00000352580 1977 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 SYBU-201ENST00000276646 2870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 AC116565.2-201ENST00000637674 1854 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 GSDMD-201ENST00000262580 1762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 AC067852.2-201ENST00000590513 2313 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 AC008764.6-201ENST00000595909 2069 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 PLA2G12A-201ENST00000243501 5226 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 POC1B-GALNT4-201ENST00000547474 2207 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 STYXL1-208ENST00000451157 1570 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 APOLD1-202ENST00000356591 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 FDXR-203ENST00000420580 1705 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 OGFOD2-222ENST00000545317 1481 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.6 ms