Protein–RNA interactions for Protein: P12110

COL6A2, Collagen alpha-2(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,019 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A2P12110 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL6A2P12110 BRSK1-202ENST00000326848 2095 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL6A2P12110 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 ELMOD1-202ENST00000443271 1990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC18.21■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 REEP4-201ENST00000306306 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 TOX2-205ENST00000423191 1709 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 FIGNL2-201ENST00000564840 4693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 TMEM59L-201ENST00000262817 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 SLC23A3-207ENST00000455516 2048 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 FCGRT-201ENST00000221466 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 HS3ST2-201ENST00000261374 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 QPRT-202ENST00000395384 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 ENOPH1-202ENST00000505846 1689 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 AC012615.6-201ENST00000593201 1697 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 TOR2A-205ENST00000463577 2211 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 PPAN-P2RY11-201ENST00000393796 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 KDM1A-202ENST00000400181 3059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 ZDHHC4-205ENST00000396713 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 SAR1B-208ENST00000507419 2287 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 TBKBP1-204ENST00000622396 2010 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 AGPAT3-201ENST00000291572 5546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 GNE-204ENST00000539208 2190 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 KCNC2-203ENST00000393288 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 PITPNM2-209ENST00000546049 1793 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 NETO1-201ENST00000327305 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 GDF7-201ENST00000272224 9749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 ARFIP2-201ENST00000254584 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 LUC7L-221ENST00000629543 1520 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 MAPT-209ENST00000446361 5345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 ISG20-201ENST00000306072 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 CADPS2-201ENST00000313070 6065 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 DPYSL3-202ENST00000398514 5309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 INPP4A-204ENST00000409540 3231 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 AMDHD2-203ENST00000413459 2049 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 MNT-208ENST00000575394 606 ntTSL 4 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 SPC24-206ENST00000592540 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 TPSB2-201ENST00000606293 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 PRKRIP1-208ENST00000496391 3430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 SLC39A1-210ENST00000617697 2214 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 SLC2A8-202ENST00000373360 1937 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 AEBP2-201ENST00000266508 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 MAP6-201ENST00000304771 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 AL355987.1-201ENST00000435202 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 PSRC1-205ENST00000409138 1826 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 PTPRJ-207ENST00000613246 7851 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 DBX1-201ENST00000524983 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 TMEM128-201ENST00000254742 1737 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 NIFK-201ENST00000285814 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 ALAS2-203ENST00000396198 1936 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 THOP1-201ENST00000307741 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 STK11-201ENST00000326873 2611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 WSCD1-209ENST00000574232 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 FAM124A-202ENST00000322475 4761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL6A2P12110 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54 ms