Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
VPS28Q9UK41 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
VPS28Q9UK41 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
VPS28Q9UK41 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
VPS28Q9UK41 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
VPS28Q9UK41 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
VPS28Q9UK41 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
VPS28Q9UK41 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
VPS28Q9UK41 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
VPS28Q9UK41 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
VPS28Q9UK41 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
VPS28Q9UK41 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
VPS28Q9UK41 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
VPS28Q9UK41 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
VPS28Q9UK41 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
VPS28Q9UK41 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
VPS28Q9UK41 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
VPS28Q9UK41 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
VPS28Q9UK41 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
VPS28Q9UK41 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
VPS28Q9UK41 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
VPS28Q9UK41 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC25.64■■□□□ 1.7
VPS28Q9UK41 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
VPS28Q9UK41 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
VPS28Q9UK41 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
VPS28Q9UK41 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.69
VPS28Q9UK41 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
VPS28Q9UK41 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
VPS28Q9UK41 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
VPS28Q9UK41 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
VPS28Q9UK41 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
VPS28Q9UK41 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
VPS28Q9UK41 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
VPS28Q9UK41 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
VPS28Q9UK41 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
VPS28Q9UK41 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC25.61■■□□□ 1.69
VPS28Q9UK41 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
VPS28Q9UK41 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
VPS28Q9UK41 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
VPS28Q9UK41 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
VPS28Q9UK41 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
VPS28Q9UK41 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
VPS28Q9UK41 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
VPS28Q9UK41 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
VPS28Q9UK41 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
VPS28Q9UK41 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
VPS28Q9UK41 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
VPS28Q9UK41 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
VPS28Q9UK41 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS28Q9UK41 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS28Q9UK41 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS28Q9UK41 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS28Q9UK41 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS28Q9UK41 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS28Q9UK41 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.68
VPS28Q9UK41 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS28Q9UK41 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS28Q9UK41 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS28Q9UK41 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS28Q9UK41 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS28Q9UK41 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS28Q9UK41 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS28Q9UK41 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS28Q9UK41 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS28Q9UK41 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS28Q9UK41 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS28Q9UK41 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS28Q9UK41 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS28Q9UK41 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS28Q9UK41 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS28Q9UK41 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS28Q9UK41 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS28Q9UK41 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS28Q9UK41 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS28Q9UK41 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS28Q9UK41 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS28Q9UK41 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS28Q9UK41 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS28Q9UK41 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS28Q9UK41 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS28Q9UK41 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS28Q9UK41 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS28Q9UK41 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS28Q9UK41 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS28Q9UK41 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS28Q9UK41 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS28Q9UK41 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS28Q9UK41 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS28Q9UK41 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS28Q9UK41 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS28Q9UK41 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS28Q9UK41 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS28Q9UK41 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS28Q9UK41 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
VPS28Q9UK41 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
VPS28Q9UK41 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS28Q9UK41 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS28Q9UK41 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS28Q9UK41 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS28Q9UK41 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13 ms