Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
KLHL28Q9NXS3 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
KLHL28Q9NXS3 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
KLHL28Q9NXS3 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
KLHL28Q9NXS3 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
KLHL28Q9NXS3 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
KLHL28Q9NXS3 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
KLHL28Q9NXS3 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
KLHL28Q9NXS3 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
KLHL28Q9NXS3 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
KLHL28Q9NXS3 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
KLHL28Q9NXS3 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
KLHL28Q9NXS3 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
KLHL28Q9NXS3 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
KLHL28Q9NXS3 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
KLHL28Q9NXS3 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC23.12■■□□□ 1.29
KLHL28Q9NXS3 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
KLHL28Q9NXS3 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
KLHL28Q9NXS3 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
KLHL28Q9NXS3 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
KLHL28Q9NXS3 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
KLHL28Q9NXS3 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
KLHL28Q9NXS3 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
KLHL28Q9NXS3 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
KLHL28Q9NXS3 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
KLHL28Q9NXS3 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
KLHL28Q9NXS3 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
KLHL28Q9NXS3 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
KLHL28Q9NXS3 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
KLHL28Q9NXS3 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
KLHL28Q9NXS3 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
KLHL28Q9NXS3 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
KLHL28Q9NXS3 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
KLHL28Q9NXS3 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
KLHL28Q9NXS3 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
KLHL28Q9NXS3 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
KLHL28Q9NXS3 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
KLHL28Q9NXS3 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
KLHL28Q9NXS3 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
KLHL28Q9NXS3 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
KLHL28Q9NXS3 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
KLHL28Q9NXS3 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
KLHL28Q9NXS3 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
KLHL28Q9NXS3 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
KLHL28Q9NXS3 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
KLHL28Q9NXS3 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
KLHL28Q9NXS3 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC23.03■■□□□ 1.28
KLHL28Q9NXS3 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
KLHL28Q9NXS3 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
KLHL28Q9NXS3 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
KLHL28Q9NXS3 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
KLHL28Q9NXS3 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
KLHL28Q9NXS3 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.02■■□□□ 1.28
KLHL28Q9NXS3 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
KLHL28Q9NXS3 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
KLHL28Q9NXS3 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
KLHL28Q9NXS3 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC23.02■■□□□ 1.28
KLHL28Q9NXS3 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
KLHL28Q9NXS3 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
KLHL28Q9NXS3 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC23■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
KLHL28Q9NXS3 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC22.95■■□□□ 1.26
KLHL28Q9NXS3 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
KLHL28Q9NXS3 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
KLHL28Q9NXS3 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.1 ms