Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
MSH2P43246 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
MSH2P43246 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
MSH2P43246 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
MSH2P43246 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
MSH2P43246 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
MSH2P43246 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
MSH2P43246 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
MSH2P43246 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
MSH2P43246 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
MSH2P43246 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
MSH2P43246 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
MSH2P43246 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
MSH2P43246 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
MSH2P43246 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
MSH2P43246 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
MSH2P43246 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
MSH2P43246 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
MSH2P43246 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
MSH2P43246 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
MSH2P43246 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH2P43246 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH2P43246 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH2P43246 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH2P43246 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH2P43246 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH2P43246 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
MSH2P43246 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
MSH2P43246 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
MSH2P43246 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
MSH2P43246 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
MSH2P43246 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
MSH2P43246 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
MSH2P43246 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
MSH2P43246 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
MSH2P43246 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
MSH2P43246 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
MSH2P43246 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
MSH2P43246 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
MSH2P43246 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
MSH2P43246 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
MSH2P43246 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
MSH2P43246 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
MSH2P43246 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
MSH2P43246 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
MSH2P43246 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
MSH2P43246 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC25.11■■□□□ 1.61
MSH2P43246 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
MSH2P43246 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
MSH2P43246 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
MSH2P43246 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
MSH2P43246 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
MSH2P43246 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
MSH2P43246 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
MSH2P43246 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
MSH2P43246 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
MSH2P43246 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
MSH2P43246 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC25.07■■□□□ 1.6
MSH2P43246 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
MSH2P43246 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
MSH2P43246 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
MSH2P43246 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
MSH2P43246 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
MSH2P43246 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
MSH2P43246 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
MSH2P43246 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
MSH2P43246 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
MSH2P43246 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
MSH2P43246 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
MSH2P43246 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
MSH2P43246 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
MSH2P43246 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
MSH2P43246 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
MSH2P43246 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
MSH2P43246 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
MSH2P43246 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
MSH2P43246 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
MSH2P43246 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
MSH2P43246 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
MSH2P43246 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
MSH2P43246 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
MSH2P43246 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC25.02■■□□□ 1.6
MSH2P43246 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
MSH2P43246 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
MSH2P43246 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
MSH2P43246 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
MSH2P43246 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
MSH2P43246 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
MSH2P43246 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
MSH2P43246 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
MSH2P43246 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
MSH2P43246 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
MSH2P43246 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
MSH2P43246 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
MSH2P43246 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
MSH2P43246 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC24.99■■□□□ 1.59
MSH2P43246 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
MSH2P43246 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
MSH2P43246 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
MSH2P43246 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.5 ms