Protein–RNA interactions for Protein: Q8IWP9

CCDC28A, Coiled-coil domain-containing protein 28A, humanhuman

Predictions only

Length 274 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28AQ8IWP9 SDHA-204ENST00000504309 2067 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 AC063926.3-201ENST00000624734 5658 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 USP13-201ENST00000263966 8323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 FDX1-201ENST00000260270 3206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 LINC00884-202ENST00000448892 2680 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 EXOG-201ENST00000287675 2792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 CD1E-205ENST00000368160 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 CXorf38-201ENST00000327877 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 CAMKK2-207ENST00000404169 2116 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 CMTM3-202ENST00000424011 2330 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 PRX-201ENST00000291825 5502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 LZTS1-202ENST00000381569 5706 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 STK35-201ENST00000381482 6685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 RRP7BP-201ENST00000357802 2375 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 ANKRD6-204ENST00000447838 2968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 RNF182-206ENST00000537388 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 GPRIN1-201ENST00000303991 4211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 F7-201ENST00000346342 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 ACSM2A-213ENST00000575690 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 MAEA-202ENST00000303400 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 ZSCAN2-214ENST00000546148 2242 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 PTGER3-208ENST00000370932 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 AC141586.3-201ENST00000562166 1838 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 OGFRL1-201ENST00000370435 8391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 GPER1-201ENST00000297469 2778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 FUT7-201ENST00000314412 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 CSNK1A1-202ENST00000377843 2559 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 ASF1A-201ENST00000229595 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 MASTL-203ENST00000375946 3623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 ABTB1-206ENST00000468137 2065 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 APLN-201ENST00000429967 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 LSS-205ENST00000457828 4390 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 PHRF1-201ENST00000264555 5523 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 WIPF1-201ENST00000272746 3028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 ZBTB5-201ENST00000307750 4627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 TXNRD2-214ENST00000491939 2238 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 SSH3-201ENST00000308127 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 TEF-201ENST00000266304 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 FGFR4-201ENST00000292408 3122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 OTOP3-201ENST00000328801 2363 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 ELF2-201ENST00000358635 3036 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 PIP5K1A-207ENST00000441902 2297 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 AL023806.1-201ENST00000603994 1649 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 C17orf62-203ENST00000434650 2050 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 MYO1D-201ENST00000318217 5563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 GRAMD2B-201ENST00000285689 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 POC1B-202ENST00000393179 3096 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 PHF20L1-203ENST00000337920 2311 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 LRCH2-202ENST00000538422 4868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 ABHD15-201ENST00000307201 3592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 DIABLO-208ENST00000464942 2569 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 DEGS2-201ENST00000305631 4352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 LMBR1-202ENST00000359422 4727 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 STK32C-204ENST00000368622 2010 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 FAM50B-202ENST00000380274 1932 ntAPPRIS P1 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 ELOVL7-205ENST00000508821 3994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 RAP2C-201ENST00000342983 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 LCORL-203ENST00000382226 5009 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 PLEKHG6-203ENST00000396988 2963 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 XPO1-201ENST00000401558 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 ROCK2-209ENST00000616279 6401 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 EWSAT1-206ENST00000558922 1725 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 GPR158-AS1-201ENST00000449643 2433 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 BICD2-202ENST00000375512 4636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC28AQ8IWP9 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.1 ms