Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 GML-201ENST00000220940 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 C6orf136-203ENST00000376473 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 YWHAZ-204ENST00000395953 994 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 AC002467.1-201ENST00000457510 657 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 AL499627.1-201ENST00000569373 2188 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 FXYD7-203ENST00000586063 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 NUDT16L1-203ENST00000586252 922 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 NPAP1P7-201ENST00000613027 823 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 ZNF74-202ENST00000400451 3159 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 RAB4A-205ENST00000618010 2799 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 TSPAN14-202ENST00000341863 1037 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 AC005091.1-201ENST00000441955 1190 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 KRT17P6-201ENST00000453795 1220 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 AP003396.3-201ENST00000530918 778 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 SNHG15-203ENST00000578968 982 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 MIR3180-5-201ENST00000583743 153 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 ISG15-203ENST00000624697 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 PRELID3A-203ENST00000587735 1694 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 KAT2A-201ENST00000225916 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 PNKP-224ENST00000631020 1545 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 Z98044.1-201ENST00000632503 1764 ntBASIC15.83■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 CABP1-201ENST00000288616 1369 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 METTL5-207ENST00000410097 1370 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 ICA1-208ENST00000407906 1615 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 AC099343.3-201ENST00000605834 2503 ntBASIC15.83■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 PPP4C-202ENST00000561610 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 KRTCAP3-202ENST00000407293 942 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 GCSHP2-201ENST00000560971 527 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 PRELID1P1-202ENST00000567272 903 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 TOX2-205ENST00000423191 1709 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 TRABD-203ENST00000395827 2172 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 IFRD2-204ENST00000436390 2275 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 MDGA1-203ENST00000434837 10736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 MMAB-204ENST00000537236 1342 ntTSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 PKMYT1-203ENST00000431515 2308 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 MIR4674-201ENST00000582457 87 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 AC022150.1-201ENST00000599222 640 ntTSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 FMR1-207ENST00000439526 3699 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 BTG3-201ENST00000339775 1485 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 PRODH-215ENST00000610940 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 PHB2-203ENST00000535923 1515 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 ENTPD8-202ENST00000371506 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 PODN-203ENST00000395871 2744 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CHD3Q12873 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
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