Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 ESYT3-201ENST00000289135 1356 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 FAM110A-201ENST00000246100 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 HTD2-206ENST00000481972 1378 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 BIRC7-203ENST00000395306 593 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 FABP5-202ENST00000396359 986 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 RNASEH2C-202ENST00000527610 835 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 AC092725.1-201ENST00000565783 499 ntTSL 4 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 STX10-207ENST00000589083 1241 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 AL355877.3-201ENST00000622820 899 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 SIDT2-217ENST00000532062 2143 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 FAM57A-201ENST00000301324 2013 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 C1QC-201ENST00000374637 1089 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 IGHV3-15-201ENST00000390603 437 ntAPPRIS P1 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 GRM5-203ENST00000393294 1268 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 ODF3B-202ENST00000401779 869 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 ODF3B-203ENST00000403326 643 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 AL359915.2-201ENST00000425884 745 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 ODF3B-205ENST00000428989 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 COX10-202ENST00000429152 875 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 HCG15-203ENST00000438190 1032 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 TTLL12-204ENST00000494035 888 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 AC104758.1-202ENST00000568184 602 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 AL049840.3-201ENST00000602669 611 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 MIR7706-201ENST00000613747 67 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 ARFIP2-203ENST00000423813 1430 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 RIPK2-201ENST00000220751 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 FYTTD1-205ENST00000424384 1758 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 RELA-202ENST00000406246 2700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 TP73-AS1-210ENST00000637775 1455 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 FAM3A-205ENST00000393572 1041 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 TNFSF13-204ENST00000396542 726 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 CMC2-212ENST00000565650 671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 YPEL3-209ENST00000566595 796 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 AC243547.2-201ENST00000616257 234 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 AC023830.1-201ENST00000569678 1543 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 ARHGAP8-201ENST00000336963 1487 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 AC009102.3-201ENST00000623118 1491 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 FGFR3P6-201ENST00000457012 610 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 AC068472.1-201ENST00000474589 881 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 MYBPH-201ENST00000255416 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 ABHD11-205ENST00000437775 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 NFATC4-223ENST00000555802 1476 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC87Q9NVE4 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.9 ms