Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 WDR18-202ENST00000585809 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 ADORA2A-215ENST00000618076 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 PCSK7-201ENST00000320934 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 CYP2D7-201ENST00000358097 1655 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 PACRGL-203ENST00000444671 1720 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 LMLN-204ENST00000420910 2423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 PCDHGB3-202ENST00000618934 2445 ntAPPRIS P1 BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 RHOT2-201ENST00000315082 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 RABAC1-201ENST00000222008 821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 PPIH-202ENST00000372549 327 ntTSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 RPS14-203ENST00000407193 784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 AC125616.1-201ENST00000540369 1015 ntTSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 AC111152.3-201ENST00000569699 673 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 BEAN1-211ENST00000622872 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 VPS37D-202ENST00000451519 1303 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 KRT18P1-202ENST00000452408 1331 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 VBP1-201ENST00000286428 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 ZSWIM5-201ENST00000359600 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 SLC31A2-201ENST00000259392 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 GSTO2-201ENST00000338595 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 KRTCAP3-202ENST00000407293 942 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 AC093734.1-201ENST00000416100 242 ntTSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 CHCHD2P8-201ENST00000429873 447 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 AC068134.1-202ENST00000439072 356 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 STK32A-AS1-201ENST00000504297 863 ntTSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 IL11-204ENST00000590625 1028 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 AC034238.1-212ENST00000596137 723 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 WWC1-201ENST00000265293 7130 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 C6orf136-203ENST00000376473 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 BCL11A-209ENST00000489516 1508 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 TCTA-201ENST00000273590 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 RSAD1-201ENST00000258955 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 AL845331.1-201ENST00000424978 1190 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 SNHG15-203ENST00000578968 982 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 NAT14-202ENST00000587400 416 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 AC068587.9-201ENST00000641814 219 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 QKI-205ENST00000392127 7911 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 CIRBP-202ENST00000413636 1606 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 Z83836.1-201ENST00000624605 1642 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC17.86■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.9 ms