Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 AC105202.1-201ENST00000517833 995 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 MRPL52-215ENST00000556840 398 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 SEL1L3-202ENST00000399878 4520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 LINC01315-202ENST00000424852 1142 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 DRAXINP1-201ENST00000437611 948 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 FNDC5-205ENST00000496770 837 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 PRELID1P1-202ENST00000567272 903 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 AP002414.4-201ENST00000589764 1148 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 AC112497.1-201ENST00000624824 639 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 PLCL2-204ENST00000615277 4147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 AC011944.1-201ENST00000316148 1900 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 ACHE-205ENST00000419336 1906 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 PTX4-201ENST00000293922 1422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 FMR1-206ENST00000370477 3437 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 PGLS-201ENST00000252603 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 PPIH-202ENST00000372549 327 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 NFIB-201ENST00000380921 1274 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 PHGR1-201ENST00000448599 436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 TPSP2-201ENST00000561760 610 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 ISG15-203ENST00000624697 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 SLC5A10-205ENST00000417251 1984 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 PSMB11-201ENST00000408907 2110 ntAPPRIS P1 BASIC15.85■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 CACNA1A-246ENST00000637736 8340 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 GML-201ENST00000220940 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 MRPS15-201ENST00000373116 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 GAD2-202ENST00000376248 680 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 MTG1-205ENST00000477902 1283 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 AC008878.2-201ENST00000601870 942 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 MATN4-201ENST00000353917 1657 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 PTPRN2-204ENST00000404321 1374 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 HEXIM2-201ENST00000307275 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 ELANE-201ENST00000263621 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 PSMA7-203ENST00000370873 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 HMGN1-203ENST00000380748 829 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 AC008878.4-201ENST00000602083 293 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 AC012615.6-201ENST00000593201 1697 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 NFATC4-220ENST00000555393 2235 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.2 ms