Protein–RNA interactions for Protein: P27658

COL8A1, Collagen alpha-1(VIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL8A1P27658 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 GDF7-201ENST00000272224 9749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 NFATC1-217ENST00000591814 4819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 UBXN2A-201ENST00000309033 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 MAPK8IP3-202ENST00000356010 4456 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 SORCS3-201ENST00000369699 5530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 RIMBP3C-201ENST00000331505 5475 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 SSX2IP-210ENST00000605755 1933 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 TNNT1-201ENST00000291901 967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 DPM3-203ENST00000368400 409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 PIGU-202ENST00000374820 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 FAM99B-201ENST00000382166 1067 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 POMC-203ENST00000395826 959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 AL359747.1-201ENST00000442370 536 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 CYMP-203ENST00000474680 1263 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 ENDOV-205ENST00000518644 625 ntTSL 4 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 LDLRAD2-203ENST00000543870 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 KAZN-203ENST00000376030 6030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 MAFG-201ENST00000357736 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 AC005329.3-201ENST00000626781 1366 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 TSHZ3-201ENST00000240587 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 TMEM255B-202ENST00000375353 6100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 CSNK2B-203ENST00000375882 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 FAM8A3P-201ENST00000427218 844 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 WDR53-203ENST00000429115 683 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 AL591424.1-201ENST00000442569 1213 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 HOPX-214ENST00000556614 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 AC021739.2-201ENST00000558375 964 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 PAM16-208ENST00000573553 722 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 STXBP2-222ENST00000612033 1188 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 AC005258.1-201ENST00000621615 1268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 FOXP3-201ENST00000376197 1326 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 CHRNB4-202ENST00000412074 1355 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 STAP2-201ENST00000594605 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 REEP4-202ENST00000334530 1476 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC16.08■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
COL8A1P27658 PRRC2A-201ENST00000376007 6861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL8A1P27658 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL8A1P27658 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL8A1P27658 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL8A1P27658 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL8A1P27658 CIB3-201ENST00000269878 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL8A1P27658 FCN2-201ENST00000291744 1057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL8A1P27658 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL8A1P27658 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL8A1P27658 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL8A1P27658 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL8A1P27658 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL8A1P27658 ASGR1-202ENST00000380920 944 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL8A1P27658 YWHAZ-203ENST00000395951 964 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL8A1P27658 UPK3A-202ENST00000396082 627 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL8A1P27658 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.3 ms