Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 PCED1CP-201ENST00000419887 785 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 DBP-204ENST00000599385 709 ntTSL 3 BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 AC116407.4-201ENST00000623319 1061 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 DUS1L-202ENST00000354321 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 SIKE1-201ENST00000060969 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 AC018755.2-202ENST00000429354 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 MMAB-204ENST00000537236 1342 ntTSL 3 BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 ATP1B1-202ENST00000367816 2608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 LDLRAD4-211ENST00000587757 2171 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 RGMB-AS1-201ENST00000498871 1903 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 NARFL-201ENST00000251588 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 GPR32-201ENST00000270590 1269 ntAPPRIS P1 BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 FXYD7-203ENST00000586063 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 SDHAP2-201ENST00000455183 2001 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 AC009102.3-201ENST00000623118 1491 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 PBXIP1-201ENST00000368460 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 MADCAM1-203ENST00000382683 603 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 ROMO1-205ENST00000397416 288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 AP000550.4-202ENST00000639755 178 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 FAM110A-201ENST00000246100 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 SLBP-201ENST00000318386 1635 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 PEPD-203ENST00000436370 1638 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 FSCN2-201ENST00000334850 1551 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 AC005082.1-201ENST00000413042 2259 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 ZGPAT-202ENST00000355969 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 EI24-201ENST00000278903 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 AANAT-202ENST00000392492 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 SMIM19-202ENST00000416469 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 PDZD7-203ENST00000470414 1057 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 MYD88-211ENST00000495303 976 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 SDR39U1-202ENST00000538105 1041 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 OARD1-202ENST00000424266 1337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP3Q9Y6I4 STYXL1-208ENST00000451157 1570 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.4 ms