Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 TEPSIN-213ENST00000637944 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 TOX2-205ENST00000423191 1709 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 MTMR9LP-203ENST00000426597 1545 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 WWC1-201ENST00000265293 7130 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 NFYC-AS1-201ENST00000606277 1687 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 ENTPD6-202ENST00000360031 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 SCD5-201ENST00000273908 1995 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 SCARF2-203ENST00000623402 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 MYOZ3-203ENST00000517768 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 ASB6-202ENST00000277459 2180 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 PTGIR-204ENST00000596260 1009 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 LINC01356-201ENST00000401018 1819 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 FAM182B-201ENST00000376403 1681 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 AC012615.6-201ENST00000593201 1697 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 HEXIM2-201ENST00000307275 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 PNKP-224ENST00000631020 1545 ntTSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 Z98044.1-201ENST00000632503 1764 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 TM9SF1-206ENST00000528669 2425 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 DGKI-202ENST00000424189 4163 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 AC069544.2-201ENST00000640019 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 KRT18P38-201ENST00000449496 1282 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 SEC1P-202ENST00000473944 940 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 AC008825.1-201ENST00000504398 452 ntTSL 3 BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 SPAG4-201ENST00000374273 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 SNAI3-AS1-202ENST00000563475 2081 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 AGTRAP-201ENST00000314340 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 CPZ-201ENST00000315782 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 LCN10-205ENST00000497771 723 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 GRP-204ENST00000529320 824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 ELAVL1-202ENST00000593807 856 ntTSL 3 BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 SPAST-203ENST00000615843 5212 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 ADARB1-201ENST00000348831 6882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 ACHE-205ENST00000419336 1906 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.9 ms