Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 CIRBP-202ENST00000413636 1606 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 KIF26A-202ENST00000423312 5649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 PCDHB2-202ENST00000622947 2231 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 PCED1A-201ENST00000356872 1706 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 ACBD5-201ENST00000375888 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 MYOZ3-203ENST00000517768 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 SPERT-202ENST00000378966 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 MAGED2-213ENST00000627068 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 GBGT1-208ENST00000540636 1934 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 FAM3A-204ENST00000369643 1521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 AC134772.1-201ENST00000438872 885 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 AC074183.1-201ENST00000439105 782 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 ZNF706-206ENST00000519744 785 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 C14orf144-201ENST00000553757 537 ntTSL 4 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 ETFA-216ENST00000560726 942 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 GCSHP2-201ENST00000560971 527 ntBASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 AL441883.1-201ENST00000566170 1045 ntBASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 AC006011.2-201ENST00000621313 1158 ntBASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 UMOD-202ENST00000396134 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 DMRT3-201ENST00000190165 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 UNC5D-204ENST00000420357 2966 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 NUMBL-202ENST00000540131 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 ACSS3-201ENST00000261206 2666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC21.3■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 ZFP92-201ENST00000338647 6105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 CLK1-205ENST00000434813 2026 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 COX11P1-201ENST00000489116 835 ntBASIC21.3■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 AC008825.1-201ENST00000504398 452 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 DLG3-202ENST00000374355 5074 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 SIGIRR-202ENST00000397632 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 GSDMD-201ENST00000262580 1762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 FMR1-206ENST00000370477 3437 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 JPT1-203ENST00000409753 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 TMEM177-204ENST00000424086 1738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 AC027097.1-202ENST00000592201 1954 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 STYXL1-208ENST00000451157 1570 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 MAP3K13-213ENST00000454237 526 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 LINC01385-201ENST00000512310 780 ntTSL 4 BASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 DRAP1-205ENST00000527119 581 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.5 ms