Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 KHNYN-206ENST00000556842 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 SHC3-202ENST00000375835 9768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 BUD23-201ENST00000265758 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 AP000593.1-201ENST00000393668 712 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 KRT18P41-201ENST00000518924 1277 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01024-205ENST00000521563 939 ntTSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 CLN3-206ENST00000360019 1840 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 POFUT2-201ENST00000331343 4825 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 EGLN2-201ENST00000303961 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 TBX20-201ENST00000408931 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SYNE3Q6ZMZ3 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 LDLRAD4-211ENST00000587757 2171 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 PPP1R18-201ENST00000274853 4599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 PPP1R18-205ENST00000615527 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 ADGRD2-201ENST00000334810 3244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 CHRNA4-201ENST00000370263 5577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 FGFR1-206ENST00000397091 5702 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 SLC25A51-202ENST00000377716 1691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 UXT-201ENST00000333119 574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 FAM212A-201ENST00000333323 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 KRT18P23-201ENST00000435622 1283 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 AL499627.1-201ENST00000569373 2188 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 PACS2-203ENST00000447393 6365 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 GRM2-204ENST00000442933 2064 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 AC018755.2-202ENST00000429354 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 SLC35F5-201ENST00000245680 4412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 FBXL7-202ENST00000504595 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 HMBS-221ENST00000544387 1351 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 ZGPAT-202ENST00000355969 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 PLCH2-203ENST00000378486 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 PLCH2-204ENST00000419816 4837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 PCED1A-201ENST00000356872 1706 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 TOX2-205ENST00000423191 1709 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 UPK3B-201ENST00000257632 1296 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 HSD11B1L-205ENST00000422535 730 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 AC009947.2-201ENST00000444014 672 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00595-207ENST00000476909 792 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 TXNL4A-211ENST00000592837 611 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 NBL1-212ENST00000621723 2133 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 LCORL-201ENST00000326877 5604 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 SLC12A4-201ENST00000316341 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 TRPM4-213ENST00000599628 1829 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 SPTBN4-204ENST00000392025 8671 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 ART1-201ENST00000250693 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 SAMD11-216ENST00000620200 1874 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.2 ms