Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 ADIPOR1-202ENST00000367254 1116 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 METTL21A-205ENST00000426075 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 AC016590.1-204ENST00000586442 813 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 AC005632.4-201ENST00000613759 431 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 EML2-AS1-203ENST00000623430 886 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 AQP8-201ENST00000219660 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 FAM237A-203ENST00000543490 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 ATF5-201ENST00000423777 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 GMPR-201ENST00000259727 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 TIMM8A-201ENST00000372902 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 SMIM29-201ENST00000335352 1160 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 TRA2B-202ENST00000342294 288 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 BOLA1-202ENST00000369152 859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 CMC2-212ENST00000565650 671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 AL032819.2-201ENST00000624543 2162 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 AC062028.1-203ENST00000447433 1472 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 MIR149-201ENST00000384879 89 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 YWHAZ-204ENST00000395953 994 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 HCG15-203ENST00000438190 1032 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 AC092865.5-201ENST00000545435 363 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 AP001269.4-201ENST00000609611 512 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 AC243547.2-201ENST00000616257 234 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 IFIH1-202ENST00000421365 1617 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 C6orf141-206ENST00000529246 1450 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 SIDT2-217ENST00000532062 2143 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 MEG3-211ENST00000452514 461 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 HFE-210ENST00000470149 1123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 CNOT8-225ENST00000524105 904 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 AC107896.1-201ENST00000593212 548 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 IQSEC2-210ENST00000639161 936 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 PPA2-202ENST00000348706 1414 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 AL022314.1-201ENST00000414203 464 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 AL365226.1-201ENST00000448363 349 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 RNASEH2C-202ENST00000527610 835 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 C12orf76-202ENST00000546627 461 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 MIR5100-201ENST00000579544 119 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 ANO2-212ENST00000612575 1087 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 ANXA8-202ENST00000583448 1971 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 AC023830.1-201ENST00000569678 1543 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 UXT-201ENST00000333119 574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 COX10-202ENST00000429152 875 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 THAP5-204ENST00000438865 868 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 IRF8-202ENST00000562492 946 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 HNRNPDL-210ENST00000630827 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 TMEM25-225ENST00000533102 1410 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 CPZ-201ENST00000315782 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 HSPB1-201ENST00000248553 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 RPL13AP23-201ENST00000480739 586 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 TTLL12-204ENST00000494035 888 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 SART3-203ENST00000546611 1184 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 SMAD3-210ENST00000559092 584 ntTSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.13
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