Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 PLEKHG5-207ENST00000400913 4698 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 QSOX2-201ENST00000358701 4530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 SPAG1-206ENST00000520643 1723 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 THOC3-212ENST00000628318 1442 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 KIAA1522-204ENST00000401073 5438 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 DBN1-201ENST00000292385 3072 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 CFL1-201ENST00000308162 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 GXYLT1P6-201ENST00000456472 1187 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 MIR3180-5-201ENST00000583743 153 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 AL023973.1-201ENST00000624619 620 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 PHB2-203ENST00000535923 1515 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 NFATC4-228ENST00000556759 2025 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 ZNF274-203ENST00000424679 2539 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 ICA1-208ENST00000407906 1615 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 FZD1-201ENST00000287934 6963 ntAPPRIS P1 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 OSMR-202ENST00000502536 1740 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 PGM5-202ENST00000396396 3338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 PCSK5-202ENST00000376767 2845 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 APP-203ENST00000354192 3167 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 HCK-202ENST00000375852 2082 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 SEPT11-201ENST00000264893 5593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 ART1-201ENST00000250693 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 CIRBP-201ENST00000320936 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 CIRBP-207ENST00000586472 1303 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 SPTBN4-212ENST00000598249 8070 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 SIGLEC10-204ENST00000436984 1776 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 CACNA1A-201ENST00000360228 8627 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 FAM110A-203ENST00000381939 1737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 ISLR2-201ENST00000361742 4817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 GCSH-208ENST00000639169 2537 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 WNK1-203ENST00000447667 1902 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 AGAP2-201ENST00000257897 5388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 USP39-201ENST00000323701 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 GTF2IP4-202ENST00000544802 3609 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 FAM212A-201ENST00000333323 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 CCK-201ENST00000334681 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 AC006011.2-201ENST00000621313 1158 ntBASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 ASGR1-208ENST00000574388 1552 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 PPM1H-201ENST00000228705 6353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.4 ms