Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 AC138932.1-201ENST00000534164 6830 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 GAS7-210ENST00000579158 1528 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 KRT18P23-201ENST00000435622 1283 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 IFI27L2-206ENST00000556727 556 ntTSL 3 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 C10orf142-201ENST00000619243 1110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 RNF167-205ENST00000571816 1728 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 ZC3H12D-201ENST00000409806 5791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 TCTA-201ENST00000273590 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 PLEKHA2-206ENST00000521746 2127 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 RAB29-205ENST00000446390 1441 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 TBC1D19-201ENST00000264866 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 FAM72C-202ENST00000584486 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 AC034236.2-201ENST00000606662 1610 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 PARP15-202ENST00000464300 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 SYNM-204ENST00000594047 6407 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 NCF1B-201ENST00000423083 1516 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 ABI3-202ENST00000419580 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 RSAD1-201ENST00000258955 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 MEPCE-202ENST00000414441 2261 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 ABCD1-202ENST00000370129 1016 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 KRTAP5-10-201ENST00000398531 1176 ntAPPRIS P1 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 AL445472.1-201ENST00000452532 1007 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 CNTD2-203ENST00000513948 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 CD81-212ENST00000526072 1172 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 AC021739.3-201ENST00000557908 855 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 TMEM220-AS1-201ENST00000579114 575 ntTSL 4 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 YIPF2-209ENST00000590329 958 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 AC239803.1-201ENST00000594189 1278 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 AC026471.1-201ENST00000564629 3026 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 ARID3C-201ENST00000378909 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 GUCA1A-205ENST00000541991 1921 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 MCTP1-218ENST00000515393 5396 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 AC005082.1-201ENST00000413042 2259 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 L3HYPDH-201ENST00000247194 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 QSOX2-201ENST00000358701 4530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 OSR2-201ENST00000297565 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.3 ms