Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 TRIM72-201ENST00000322122 8500 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 CCDC17-209ENST00000528266 2181 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 ZDHHC20-202ENST00000382466 5338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 FMR1-207ENST00000439526 3699 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 QPCTL-202ENST00000366382 1814 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 MXD1-201ENST00000264444 5587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 ABALON-201ENST00000629058 1903 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 FAM207BP-201ENST00000447172 505 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 MTSS1L-204ENST00000616026 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 SMAD3-201ENST00000327367 6247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 ADGRG2-209ENST00000379876 4779 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 FLYWCH1-203ENST00000416288 4963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 TRIM41-202ENST00000351937 2696 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 PLEKHA2-206ENST00000521746 2127 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 FBXL22-202ENST00000534939 2443 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 ALDOC-201ENST00000226253 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 SLC25A51-202ENST00000377716 1691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 HAUS4-218ENST00000555986 1626 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 PHKA1-205ENST00000541944 5944 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 PHB2-203ENST00000535923 1515 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 AL135905.2-201ENST00000584934 1404 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 SNAI3-AS1-202ENST00000563475 2081 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 GLYCTK-202ENST00000436784 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 PLA2G2F-201ENST00000375102 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 MTDH-201ENST00000336273 6177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 CAMKK2-207ENST00000404169 2116 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 AL031658.1-201ENST00000449519 2013 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 KMT5A-202ENST00000402868 3140 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 PELI2-201ENST00000267460 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 AP000593.1-201ENST00000393668 712 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 KIAA2026-202ENST00000399933 6988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 ADGRG2-208ENST00000379873 4698 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 ELOC-209ENST00000602840 2780 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 CHRAC1-201ENST00000220913 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 AL109659.2-201ENST00000606809 1674 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.3 ms