Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC19.42■□□□□ 0.7
USP4Q13107 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
USP4Q13107 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
USP4Q13107 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
USP4Q13107 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC19.42■□□□□ 0.7
USP4Q13107 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
USP4Q13107 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC19.42■□□□□ 0.7
USP4Q13107 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC19.41■□□□□ 0.7
USP4Q13107 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
USP4Q13107 RCC2P3-201ENST00000418112 1537 ntBASIC19.41■□□□□ 0.7
USP4Q13107 NCF1B-201ENST00000423083 1516 ntTSL 2 BASIC19.41■□□□□ 0.7
USP4Q13107 GAS7-210ENST00000579158 1528 ntTSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
USP4Q13107 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC19.41■□□□□ 0.7
USP4Q13107 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC19.41■□□□□ 0.7
USP4Q13107 FZD10-201ENST00000229030 3281 ntAPPRIS P1 BASIC19.41■□□□□ 0.7
USP4Q13107 HNRNPUL1-203ENST00000378215 2864 ntTSL 2 BASIC19.41■□□□□ 0.7
USP4Q13107 AL109659.2-201ENST00000606809 1674 ntBASIC19.41■□□□□ 0.7
USP4Q13107 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
USP4Q13107 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
USP4Q13107 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC19.41■□□□□ 0.7
USP4Q13107 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
USP4Q13107 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC19.41■□□□□ 0.7
USP4Q13107 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC19.41■□□□□ 0.7
USP4Q13107 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
USP4Q13107 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC19.41■□□□□ 0.7
USP4Q13107 CHRNB1-207ENST00000575379 1095 ntTSL 2 BASIC19.41■□□□□ 0.7
USP4Q13107 AC112497.1-201ENST00000624824 639 ntBASIC19.41■□□□□ 0.7
USP4Q13107 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
USP4Q13107 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC19.41■□□□□ 0.7
USP4Q13107 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
USP4Q13107 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC19.41■□□□□ 0.7
USP4Q13107 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
USP4Q13107 AC005082.1-201ENST00000413042 2259 ntBASIC19.41■□□□□ 0.7
USP4Q13107 OSR2-201ENST00000297565 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
USP4Q13107 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
USP4Q13107 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
USP4Q13107 ST3GAL3-206ENST00000351035 2377 ntTSL 5 BASIC19.41■□□□□ 0.7
USP4Q13107 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
USP4Q13107 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
USP4Q13107 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
USP4Q13107 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
USP4Q13107 AC135782.1-201ENST00000537498 2154 ntTSL 2 BASIC19.4■□□□□ 0.7
USP4Q13107 AL032819.2-201ENST00000624543 2162 ntBASIC19.4■□□□□ 0.7
USP4Q13107 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC19.4■□□□□ 0.7
USP4Q13107 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
USP4Q13107 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC19.4■□□□□ 0.7
USP4Q13107 MTSS1L-201ENST00000338779 4992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
USP4Q13107 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
USP4Q13107 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
USP4Q13107 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC19.4■□□□□ 0.7
USP4Q13107 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
USP4Q13107 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC19.4■□□□□ 0.7
USP4Q13107 AL445472.1-201ENST00000452532 1007 ntTSL 2 BASIC19.4■□□□□ 0.7
USP4Q13107 AC013402.1-201ENST00000456999 561 ntTSL 4 BASIC19.4■□□□□ 0.7
USP4Q13107 C7orf49-209ENST00000483029 596 ntTSL 2 BASIC19.4■□□□□ 0.7
USP4Q13107 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.4■□□□□ 0.7
USP4Q13107 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
USP4Q13107 TMEM220-AS1-201ENST00000579114 575 ntTSL 4 BASIC19.4■□□□□ 0.7
USP4Q13107 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC19.4■□□□□ 0.7
USP4Q13107 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.4■□□□□ 0.7
USP4Q13107 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
USP4Q13107 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
USP4Q13107 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
USP4Q13107 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.4■□□□□ 0.7
USP4Q13107 MYOZ3-203ENST00000517768 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
USP4Q13107 GLS-202ENST00000338435 4475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
USP4Q13107 CDX4-201ENST00000373514 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
USP4Q13107 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
USP4Q13107 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
USP4Q13107 ATP6V0A2-201ENST00000330342 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
USP4Q13107 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.39■□□□□ 0.69
USP4Q13107 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.69
USP4Q13107 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
USP4Q13107 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC19.39■□□□□ 0.69
USP4Q13107 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC19.39■□□□□ 0.69
USP4Q13107 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC19.39■□□□□ 0.69
USP4Q13107 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC19.39■□□□□ 0.69
USP4Q13107 LINC01785-201ENST00000598042 1112 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
USP4Q13107 TPSB2-201ENST00000606293 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
USP4Q13107 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC19.39■□□□□ 0.69
USP4Q13107 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
USP4Q13107 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.69
USP4Q13107 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.69
USP4Q13107 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
USP4Q13107 ARMC6-220ENST00000546344 1814 ntTSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.69
USP4Q13107 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
USP4Q13107 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
USP4Q13107 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.69
USP4Q13107 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
USP4Q13107 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
USP4Q13107 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.69
USP4Q13107 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
USP4Q13107 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
USP4Q13107 CDHR1-201ENST00000332904 2694 ntTSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
USP4Q13107 KCNC4-203ENST00000413138 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
USP4Q13107 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
USP4Q13107 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
USP4Q13107 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
USP4Q13107 IL4I1-201ENST00000341114 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
USP4Q13107 KCNMB3-202ENST00000349697 1228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
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