Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 PIK3R1-201ENST00000320694 2625 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 PTGIR-201ENST00000291294 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 FAM110A-201ENST00000246100 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 ART5-201ENST00000359918 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 PRSS38-201ENST00000366757 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 S100A3-201ENST00000368712 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 AC007952.2-202ENST00000399093 556 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 AL356056.2-201ENST00000506914 669 ntTSL 4 BASIC24.55■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 AP001453.1-201ENST00000534988 923 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 AC106017.2-202ENST00000628484 536 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 CCT6P1-202ENST00000442266 1317 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 TMEM89-201ENST00000330862 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 ANKRD37-201ENST00000335174 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 NTMT1-205ENST00000459968 1123 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 NTMT1-207ENST00000482347 1072 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 ZBED5-AS1-202ENST00000529014 771 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 SIDT2-217ENST00000532062 2143 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 AC016876.1-204ENST00000573187 679 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 TP73-AS1-207ENST00000624167 988 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 AC002310.5-201ENST00000569360 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 MAIP1-202ENST00000392290 1386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 AC099343.3-201ENST00000605834 2503 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 EXOSC4-201ENST00000316052 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 RWDD3-202ENST00000370202 1235 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 TCEAL2-202ENST00000372780 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 MINOS1P3-201ENST00000457048 203 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 TMEM218-203ENST00000526175 972 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 AL662844.1-201ENST00000546340 181 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 AC087289.1-201ENST00000586808 890 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 AC008878.2-201ENST00000601870 942 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.53■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 IGF2-207ENST00000434045 1583 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 HLA-A-201ENST00000376802 1334 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 AC093585.1-201ENST00000425183 428 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 PRSS42-201ENST00000429665 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 AC007834.1-201ENST00000446473 728 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 AC099805.1-202ENST00000519927 1057 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 SAXO2-206ENST00000566205 340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 AC036176.1-201ENST00000589905 785 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 CD1E-209ENST00000368164 869 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 EMD-201ENST00000369835 966 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 ENDOV-205ENST00000518644 625 ntTSL 4 BASIC24.51■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 ORAOV1-210ENST00000539414 817 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 AC009102.3-201ENST00000623118 1491 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC24.5■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 SLBP-201ENST00000318386 1635 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 EMB-204ENST00000508934 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 HBZ-201ENST00000252951 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 PNOC-201ENST00000301908 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 RPP38-203ENST00000378202 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 POM121L3P-201ENST00000419331 1163 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 EIF5A2-203ENST00000474096 570 ntTSL 4 BASIC24.5■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 NDUFB9-204ENST00000518008 789 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 ATP5G2-204ENST00000549164 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28 ms