Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC32.1■■■□□ 2.73
CCDC88BA6NC98 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
CCDC88BA6NC98 RCN1P2-201ENST00000398357 915 ntBASIC32.1■■■□□ 2.73
CCDC88BA6NC98 AF186996.4-201ENST00000467186 377 ntBASIC32.1■■■□□ 2.73
CCDC88BA6NC98 AP005717.1-202ENST00000523563 419 ntTSL 3 BASIC32.1■■■□□ 2.73
CCDC88BA6NC98 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
CCDC88BA6NC98 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
CCDC88BA6NC98 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.09■■■□□ 2.73
CCDC88BA6NC98 NFATC4-223ENST00000555802 1476 ntTSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
CCDC88BA6NC98 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
CCDC88BA6NC98 KRT18P13-201ENST00000400056 1290 ntBASIC32.09■■■□□ 2.73
CCDC88BA6NC98 AL022314.1-201ENST00000414203 464 ntTSL 5 BASIC32.09■■■□□ 2.73
CCDC88BA6NC98 KRT18P58-201ENST00000527480 1120 ntBASIC32.09■■■□□ 2.73
CCDC88BA6NC98 AC011944.1-201ENST00000316148 1900 ntTSL 2 BASIC32.08■■■□□ 2.73
CCDC88BA6NC98 ETV7-204ENST00000373738 1570 ntTSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
CCDC88BA6NC98 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
CCDC88BA6NC98 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
CCDC88BA6NC98 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
CCDC88BA6NC98 TFF3-201ENST00000291525 407 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.08■■■□□ 2.73
CCDC88BA6NC98 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
CCDC88BA6NC98 MEG3-211ENST00000452514 461 ntTSL 3 BASIC32.08■■■□□ 2.73
CCDC88BA6NC98 AC132008.2-207ENST00000454517 770 ntBASIC32.08■■■□□ 2.73
CCDC88BA6NC98 RNPS1P1-201ENST00000507437 918 ntBASIC32.08■■■□□ 2.73
CCDC88BA6NC98 AL138831.2-201ENST00000606564 490 ntBASIC32.08■■■□□ 2.73
CCDC88BA6NC98 AC005258.1-201ENST00000621615 1268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.08■■■□□ 2.73
CCDC88BA6NC98 AC023830.1-201ENST00000569678 1543 ntTSL 2 BASIC32.07■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 FAM110A-201ENST00000246100 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 FAM57A-201ENST00000301324 2013 ntTSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC32.07■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 TIMM8A-201ENST00000372902 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 IGHV3-15-201ENST00000390603 437 ntAPPRIS P1 BASIC32.07■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 LITAF-211ENST00000572255 516 ntTSL 4 BASIC32.07■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 LITAF-215ENST00000574763 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.07■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 RPL27-206ENST00000589913 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 LINC01607-201ENST00000607172 621 ntTSL 2 BASIC32.07■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC32.07■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC32.07■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC32.07■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC32.06■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 PTH2-201ENST00000270631 459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 CNOT8-225ENST00000524105 904 ntTSL 2 BASIC32.06■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 OSMR-202ENST00000502536 1740 ntTSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 IFIH1-202ENST00000421365 1617 ntTSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 ABHD11-205ENST00000437775 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC32.06■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC32.06■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC32.06■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 LINC01615-202ENST00000449466 603 ntTSL 3 BASIC32.05■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 POLD2P1-201ENST00000511220 997 ntBASIC32.05■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 AC139887.3-201ENST00000568585 713 ntBASIC32.05■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 GZMM-202ENST00000592501 941 ntTSL 3 BASIC32.05■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 FAM215A-202ENST00000632077 792 ntBASIC32.05■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC32.05■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 TP73-AS1-210ENST00000637775 1455 ntBASIC32.05■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.04■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 UXT-201ENST00000333119 574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 SMIM29-201ENST00000335352 1160 ntTSL 2 BASIC32.04■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 THAP5-204ENST00000438865 868 ntTSL 2 BASIC32.04■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 TTLL12-204ENST00000494035 888 ntTSL 2 BASIC32.04■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 YPEL3-209ENST00000566595 796 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.04■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC32.04■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC32.04■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 MED16-201ENST00000269814 1199 ntTSL 5 BASIC32.03■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 DYNLL1-204ENST00000548214 616 ntTSL 2 BASIC32.03■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 CIRBP-235ENST00000591935 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC32.03■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC32.03■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC32.03■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.03■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC32.03■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC32.03■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 RBM17P3-201ENST00000417687 1192 ntBASIC32.03■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 AC097372.2-201ENST00000510996 732 ntTSL 3 BASIC32.03■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 UBXN1-210ENST00000529640 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC32.03■■■□□ 2.72
CCDC88BA6NC98 AC116021.1-201ENST00000530049 653 ntTSL 3 BASIC32.03■■■□□ 2.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.6 ms