Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 TMEM198B-203ENST00000482378 2230 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 TLE4-206ENST00000376552 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 NFE2L3-201ENST00000056233 3686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 EPM2A-201ENST00000367519 3465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 MAP4K3-202ENST00000341681 4271 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 AC067852.2-201ENST00000590513 2313 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 NCAPD2-201ENST00000315579 5548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 RAI1-207ENST00000640861 5172 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 JMJD1C-202ENST00000399262 8666 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 LEF1-201ENST00000265165 3068 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 ELAVL2-208ENST00000544538 3789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 NSFL1C-206ENST00000476071 2800 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 RALGDS-205ENST00000393160 3801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 TRABD-203ENST00000395827 2172 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 RNH1-205ENST00000397615 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 UBE2Q2-204ENST00000561851 1582 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 PGBD5-201ENST00000391860 10961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 FAM181B-201ENST00000329203 3924 ntAPPRIS P1 BASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 TBC1D2-205ENST00000465784 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 GDF6-201ENST00000287020 3701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 PRAG1-201ENST00000615670 4903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 ZYG11A-202ENST00000371532 3942 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 TRMT2A-203ENST00000404751 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 FAM222A-201ENST00000358906 2731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 DAB2IP-201ENST00000259371 5469 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 TEX264-204ENST00000415259 2290 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 SLC12A5-201ENST00000243964 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 POLR3H-202ENST00000355209 4416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 RNF187-201ENST00000305943 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 PDE4C-202ENST00000355502 5979 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC16.99■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC16.99■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 CXXC5-AS1-201ENST00000514287 577 ntTSL 4 BASIC16.99■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC16.99■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC16.99■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 ANKRD53-202ENST00000360589 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 VAV2-202ENST00000371851 5101 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 IFFO1-201ENST00000336604 2686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 SUZ12-201ENST00000322652 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 SOCS2-212ENST00000622746 2881 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 KIF16B-203ENST00000408042 4640 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 AEBP1-206ENST00000450684 2571 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 AC131160.1-201ENST00000639401 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 PTGDR-201ENST00000306051 2942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 GCH1-204ENST00000491895 2943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 RNF19A-201ENST00000341084 4285 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 CCNYL1-201ENST00000295414 3767 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 UBR5-207ENST00000520539 10297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 VSTM2A-204ENST00000407838 3112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.4 ms