Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
SMARCA1P28370 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SMARCA1P28370 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SMARCA1P28370 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
SMARCA1P28370 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SMARCA1P28370 ORAI2-204ENST00000473939 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SMARCA1P28370 PTH2R-204ENST00000617735 2472 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
SMARCA1P28370 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SMARCA1P28370 TBC1D19-201ENST00000264866 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SMARCA1P28370 SIGIRR-202ENST00000397632 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SMARCA1P28370 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC21.29■■□□□ 1
SMARCA1P28370 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SMARCA1P28370 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SMARCA1P28370 FAM86EP-206ENST00000510506 987 ntBASIC21.29■■□□□ 1
SMARCA1P28370 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SMARCA1P28370 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC21.29■■□□□ 1
SMARCA1P28370 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
SMARCA1P28370 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
SMARCA1P28370 KHNYN-206ENST00000556842 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
SMARCA1P28370 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SMARCA1P28370 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SMARCA1P28370 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SMARCA1P28370 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SMARCA1P28370 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCA1P28370 IL4I1-201ENST00000341114 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCA1P28370 FSCN2-201ENST00000334850 1551 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCA1P28370 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCA1P28370 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCA1P28370 SPERT-202ENST00000378966 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCA1P28370 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCA1P28370 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCA1P28370 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCA1P28370 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC21.28■■□□□ 1
SMARCA1P28370 PARK7-201ENST00000338639 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCA1P28370 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCA1P28370 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCA1P28370 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCA1P28370 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCA1P28370 ASB6-202ENST00000277459 2180 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCA1P28370 COX20-203ENST00000411948 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCA1P28370 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCA1P28370 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCA1P28370 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCA1P28370 MRM2-203ENST00000440306 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
SMARCA1P28370 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SMARCA1P28370 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SMARCA1P28370 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SMARCA1P28370 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
SMARCA1P28370 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SMARCA1P28370 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
SMARCA1P28370 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SMARCA1P28370 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 FDXR-214ENST00000581530 1827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 PLCXD1-202ENST00000381663 1863 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 NFATC4-228ENST00000556759 2025 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 RGMB-AS1-201ENST00000498871 1903 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 AC007952.2-202ENST00000399093 556 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 MYD88-211ENST00000495303 976 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 C17orf49-208ENST00000552402 760 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 DHRS2-210ENST00000611765 1287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 AC106017.2-202ENST00000628484 536 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 LRRC36-201ENST00000329956 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 ENOPH1-202ENST00000505846 1689 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 NIFK-201ENST00000285814 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 BET1L-202ENST00000332865 533 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SMARCA1P28370 TRIM41-202ENST00000351937 2696 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.5 ms