Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 GPC2-201ENST00000292377 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 PIK3R2-201ENST00000222254 4033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 ENC1-201ENST00000302351 5520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 UBQLN4-201ENST00000368309 3576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 DCLK1-203ENST00000379892 2101 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 BICRA-201ENST00000396720 5739 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 AC063977.6-201ENST00000600074 1763 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 PLCG1-201ENST00000244007 5285 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 TDRKH-207ENST00000458431 2768 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 AC118553.2-202ENST00000638792 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 BORCS6-201ENST00000389017 2575 ntAPPRIS P1 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 ZNF419-204ENST00000415379 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 KRTCAP3-201ENST00000288873 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 AFG3L1P-203ENST00000418696 2965 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 POLI-207ENST00000579434 2705 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 SYNM-202ENST00000336292 7394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 FIBIN-201ENST00000318627 1938 ntAPPRIS P1 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 PSTK-201ENST00000368887 1705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 XKR8-201ENST00000373884 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 PDLIM3-201ENST00000284767 2589 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 AC135776.1-201ENST00000319817 2481 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 PARD3-205ENST00000374773 3420 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 GYG2P1-201ENST00000357871 623 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 PTPA-216ENST00000432651 857 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 CYP7B1-201ENST00000310193 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 ISY1-201ENST00000273541 1704 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 ZNF114-206ENST00000600687 1742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 STARD3-201ENST00000336308 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 ADRA1A-205ENST00000380582 2089 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 KMT2E-207ENST00000476671 2523 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 PIP4K2C-202ENST00000422156 1558 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 ITGA7-201ENST00000257879 4120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 SAMD3-202ENST00000368134 2377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 HSPA4-205ENST00000617074 2358 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 DIAPH1-201ENST00000253811 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 DIAPH1-202ENST00000389054 5795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 DIAPH1-204ENST00000398557 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 MEN1-203ENST00000337652 3162 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 CDK10-202ENST00000353379 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 PCBP4-210ENST00000471622 1784 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 TCP11-228ENST00000611141 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 SLC9A6-208ENST00000636206 4711 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 SLC44A3-201ENST00000271227 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 GAL3ST1-206ENST00000406955 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 DSCR9-201ENST00000454482 1644 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC42Q96M95 PRMT2-203ENST00000355680 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.3 ms