Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 AL162741.1-201ENST00000565563 1558 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 PHB2-203ENST00000535923 1515 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 SPNS3-201ENST00000355530 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 GGT3P-201ENST00000412448 2340 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 ZNF114-206ENST00000600687 1742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 KDM5C-203ENST00000375383 5122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 AC068880.1-201ENST00000507289 2297 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 DLG3-202ENST00000374355 5074 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 AC135776.1-201ENST00000319817 2481 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 CASR-204ENST00000638421 5088 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 TMPRSS9-205ENST00000613480 2568 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 AC003982.1-201ENST00000477404 484 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 STARD7-AS1-202ENST00000446816 1527 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 PLK3-201ENST00000372201 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 LYSMD4-201ENST00000332728 2847 ntTSL 4 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 PMEPA1-204ENST00000395814 800 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 IAH1-202ENST00000470914 2137 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 CGRRF1-201ENST00000216420 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 ADRA1A-201ENST00000276393 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 FPGS-201ENST00000373225 2278 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 ADAM33-203ENST00000379861 3674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 CDAN1-201ENST00000356231 4637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 AC118553.2-202ENST00000638792 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 PNMA8B-202ENST00000599531 5308 ntAPPRIS P1 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 MAPKAP1-205ENST00000373503 3045 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 FAM213B-205ENST00000444521 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 CD276-203ENST00000537340 2439 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 AL109659.2-201ENST00000606809 1674 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 BTG3-201ENST00000339775 1485 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 PRSS23-209ENST00000533902 2043 ntTSL 4 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 PSMB5-205ENST00000493471 1117 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 KRT5-201ENST00000252242 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 CARMIL2-201ENST00000334583 4687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 ALDOC-201ENST00000226253 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 IDUA-210ENST00000514224 2130 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 INO80E-207ENST00000563197 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 CD1E-205ENST00000368160 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 TFCP2-204ENST00000548115 1862 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 NOV-201ENST00000259526 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 GSEC-201ENST00000626810 2289 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
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