Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 LCORL-203ENST00000382226 5009 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.86□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC14.86□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC14.86□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 RSBN1-205ENST00000615321 2418 ntTSL 2 BASIC14.86□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC14.86□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 RALGDS-205ENST00000393160 3801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 AMIGO2-202ENST00000429635 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 ANKRD17-201ENST00000330838 7734 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.86□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 LINC00896-202ENST00000609602 2128 ntBASIC14.86□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 VAV3-210ENST00000527011 4510 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 SSUH2-202ENST00000341795 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 CDH6-205ENST00000514738 2569 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 CBL-204ENST00000634840 4813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 SBSPON-201ENST00000297354 3801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 RASL10B-201ENST00000603017 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 GGNBP2-212ENST00000613102 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 HEXDC-203ENST00000577944 1820 ntTSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 CD40-201ENST00000372276 1623 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 NCAPD2-201ENST00000315579 5548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 TNRC18P3-201ENST00000441896 2691 ntBASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 FAM181B-201ENST00000329203 3924 ntAPPRIS P1 BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 NSMCE3-201ENST00000332303 4838 ntAPPRIS P1 BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 BTBD11-205ENST00000490090 4614 ntTSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 NADSYN1-201ENST00000319023 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 TBP-202ENST00000392092 1903 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 INPP4A-204ENST00000409540 3231 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 ARHGAP22-205ENST00000417912 2352 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 STAT5A-201ENST00000345506 4301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 CLCN2-205ENST00000457512 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 ANKRD6-201ENST00000339746 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 RABL6-203ENST00000371663 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 MCM9-201ENST00000316068 2442 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 MIB1-201ENST00000261537 9576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 NFATC4-203ENST00000422617 5491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 CARNS1-201ENST00000307823 3942 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 ZDHHC20-202ENST00000382466 5338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 NSD3-201ENST00000316985 3995 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 IDUA-210ENST00000514224 2130 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 ADAMTS18-201ENST00000282849 5913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 PTPRA-205ENST00000399903 3337 ntTSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 SLC7A5-201ENST00000261622 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 DDX17-211ENST00000640332 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 DDX17-212ENST00000640668 2196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 ETNK2-202ENST00000367201 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 VAV2-202ENST00000371851 5101 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 KANSL2-212ENST00000550347 2714 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 DUSP8-201ENST00000331588 4455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 TNKS1BP1-201ENST00000358252 5795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 ZBTB44-201ENST00000357899 2781 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC14.84□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 NFATC4-208ENST00000553708 5367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 ABCB9-207ENST00000442833 2587 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 TTC22-201ENST00000371274 2149 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 AC126763.1-201ENST00000552015 2118 ntBASIC14.84□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 AL096870.2-201ENST00000565988 2108 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 MAST3-201ENST00000262811 5896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 SLC27A2-202ENST00000380902 2181 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 AC018755.2-202ENST00000429354 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 PRSS33-201ENST00000293851 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 CEP78-204ENST00000415759 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.03
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