Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 PDE3B-201ENST00000282096 6076 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 CHST2-201ENST00000309575 4582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 AC069544.2-201ENST00000640019 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 ISLR2-210ENST00000565540 2780 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 CABIN1-202ENST00000337989 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 P2RX2-206ENST00000389110 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 PLEKHA2-206ENST00000521746 2127 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 MTSS1L-204ENST00000616026 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 ING5-201ENST00000313552 5196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 TMEM65-201ENST00000297632 9029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 GRK6-201ENST00000355472 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 CMIP-209ENST00000566513 2288 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 RNF144A-201ENST00000320892 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 PTH2R-204ENST00000617735 2472 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 TRAPPC2L-201ENST00000301021 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 GLIS1-201ENST00000312233 2812 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 GLIS1-202ENST00000628545 2807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 UBE2QL1-201ENST00000399816 4317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 SLC25A1P2-201ENST00000430693 912 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 C2orf69P3-201ENST00000565542 1120 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.51■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 ZNF419-204ENST00000415379 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 TCTN1-223ENST00000550703 2149 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 RILPL2-201ENST00000280571 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 MAN1A1-201ENST00000368468 5014 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 MZF1-206ENST00000599369 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 MPP5-201ENST00000261681 5552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 SEMA3D-202ENST00000444867 1605 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 SYBU-232ENST00000533171 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 CROCCP3-202ENST00000420820 1947 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SKA3Q8IX90 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25 ms