Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 JMJD7-201ENST00000397299 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 TSPY2-201ENST00000320701 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 DFFB-203ENST00000341385 572 ntTSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 LSM5-204ENST00000409909 740 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 TSPY2-203ENST00000429039 779 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 SAPCD2P3-201ENST00000455031 850 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 BOC-211ENST00000484034 1286 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 AL662844.1-201ENST00000546340 181 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 CTDNEP1-207ENST00000572043 857 ntTSL 3 BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 AC005332.3-201ENST00000589904 676 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 BX640515.1-201ENST00000617215 977 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 EBLN3P-205ENST00000629870 958 ntTSL 3 BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 FSCN2-201ENST00000334850 1551 ntTSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 HBA2-201ENST00000251595 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 TNNI3-201ENST00000344887 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 CELA2A-201ENST00000359621 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 AL590627.1-203ENST00000421194 1026 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 PRSS21-202ENST00000450020 1106 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 AP003733.1-201ENST00000491725 852 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 TMEM218-203ENST00000526175 972 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 AC104758.1-202ENST00000568184 602 ntTSL 3 BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 RPL27-206ENST00000589913 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 ABBA01031661.1-201ENST00000634362 1253 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC19■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 AC034236.2-201ENST00000606662 1610 ntBASIC19■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 GCOM1-201ENST00000380568 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC19■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 Z98044.1-201ENST00000632503 1764 ntBASIC19■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 BOLA1-201ENST00000369150 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 CAPG-203ENST00000409670 1183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 ZBP1-208ENST00000541799 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 FAM220A-205ENST00000578372 207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 ATPAF2-213ENST00000585101 566 ntTSL 4 BASIC19■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 SIX5-203ENST00000560168 1975 ntTSL 4 BASIC19■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 KMT5B-205ENST00000402789 1599 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 TEX264-209ENST00000457573 1448 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 CRTC3-208ENST00000560098 1421 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 AC243591.1-201ENST00000452967 1364 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 MRPL49-206ENST00000531705 489 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 ANAPC11-204ENST00000571024 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 ANAPC11-218ENST00000582222 523 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 AC036176.1-201ENST00000589905 785 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 IGHV3OR16-7-201ENST00000604106 360 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 RNASEH2A-201ENST00000221486 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 TP53TG1-202ENST00000416560 710 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 AL137026.1-202ENST00000452578 1089 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 CDV3-207ENST00000508481 661 ntTSL 3 BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 LINC01197-204ENST00000611265 956 ntTSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 FAM25C-201ENST00000617224 319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 WDR88-202ENST00000361680 1835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.2 ms