Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 LCN8-201ENST00000371688 867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 ACBD5-201ENST00000375888 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 HOXC10-201ENST00000303460 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 LRRC4B-202ENST00000599957 3019 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 GYG2P1-201ENST00000357871 623 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 KRT18P38-201ENST00000449496 1282 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 LINC00595-207ENST00000476909 792 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 CYB561-205ENST00000542042 1302 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 EML6-201ENST00000356458 8320 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 ELMOD1-202ENST00000443271 1990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 STX17-212ENST00000534052 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 CDHR5-201ENST00000349570 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 ELAVL1-202ENST00000593807 856 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 AC239803.1-201ENST00000594189 1278 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 FPGS-203ENST00000373247 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 SLC35B2-207ENST00000619636 2063 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 WNK1-203ENST00000447667 1902 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 TBX20-201ENST00000408931 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 GEMIN7-203ENST00000591607 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 TNXA-203ENST00000507684 2038 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 ZBED3-AS1-208ENST00000512001 1668 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 PPP1R3F-202ENST00000376188 2443 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 ARHGAP22-203ENST00000374172 2380 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 PLK5-201ENST00000334770 2106 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 SGO1-208ENST00000437051 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 AC087623.2-201ENST00000528407 534 ntTSL 4 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 ENTPD8-202ENST00000371506 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 AGAP4-201ENST00000311652 2715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 ZGPAT-202ENST00000355969 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SMARCA1P28370 OARD1-202ENST00000424266 1337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SMARCA1P28370 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SMARCA1P28370 OSMR-202ENST00000502536 1740 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SMARCA1P28370 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SMARCA1P28370 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SMARCA1P28370 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SMARCA1P28370 AL359075.1-203ENST00000462729 1002 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
SMARCA1P28370 AC034238.1-212ENST00000596137 723 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.8 ms