Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6R9

CCDC61, Coiled-coil domain-containing protein 61, humanhuman

Predictions only

Length 512 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC61Q9Y6R9 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 BUB3-201ENST00000368858 1361 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 LINC00167-201ENST00000530583 1419 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 AC016757.1-205ENST00000470346 1888 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 SLC23A3-201ENST00000295738 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 LRRC23-209ENST00000443597 1628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 CKLF-202ENST00000345436 571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 CD1E-203ENST00000368156 861 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 MRPL43-208ENST00000370242 884 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 EXOSC3-202ENST00000396521 768 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 CRELD2-202ENST00000403427 1242 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 SEPT9-211ENST00000585930 1387 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 INTS11-249ENST00000618806 1523 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 PSMA7-203ENST00000370873 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 KCNAB2-205ENST00000378092 1202 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 SBDSP1-202ENST00000423945 618 ntTSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 MRPL28-203ENST00000429738 310 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 AC106795.1-205ENST00000512851 1056 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 TRPC2-202ENST00000526541 1189 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 Metazoa_SRP.104-201ENST00000622099 280 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 TSR2-201ENST00000375151 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC25.51■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC61Q9Y6R9 MLST8-232ENST00000569417 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC61Q9Y6R9 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC61Q9Y6R9 GML-201ENST00000220940 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC61Q9Y6R9 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC61Q9Y6R9 TPM1-203ENST00000317516 738 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC61Q9Y6R9 LCE1F-201ENST00000334371 357 ntAPPRIS P1 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC61Q9Y6R9 HMGN1-203ENST00000380748 829 ntTSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC61Q9Y6R9 MOBP-204ENST00000420739 940 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC61Q9Y6R9 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC61Q9Y6R9 BET1L-206ENST00000486280 665 ntTSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC61Q9Y6R9 NOP16-205ENST00000509257 1000 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC61Q9Y6R9 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC61Q9Y6R9 AP003555.3-201ENST00000534086 432 ntTSL 4 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC61Q9Y6R9 TPM1-218ENST00000559281 851 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC61Q9Y6R9 AC138894.3-201ENST00000603787 634 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC61Q9Y6R9 LINC01714-202ENST00000635451 896 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC61Q9Y6R9 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC61Q9Y6R9 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC61Q9Y6R9 CHRNB4-202ENST00000412074 1355 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC61Q9Y6R9 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC61Q9Y6R9 CFC1-203ENST00000621673 1444 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC61Q9Y6R9 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC61Q9Y6R9 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC61Q9Y6R9 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC61Q9Y6R9 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC61Q9Y6R9 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC61Q9Y6R9 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC61Q9Y6R9 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC61Q9Y6R9 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC61Q9Y6R9 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC61Q9Y6R9 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC61Q9Y6R9 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC61Q9Y6R9 ELK1-202ENST00000343894 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC61Q9Y6R9 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC61Q9Y6R9 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC61Q9Y6R9 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.8 ms