Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 SIGLEC10-204ENST00000436984 1776 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 AC135782.1-201ENST00000537498 2154 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 SIKE1-201ENST00000060969 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 MTSS1L-201ENST00000338779 4992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 AC002467.1-201ENST00000457510 657 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 AC005606.2-201ENST00000564438 614 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 UBTF-202ENST00000343638 4684 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 CLN3-206ENST00000360019 1840 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 NECTIN3-206ENST00000485303 3664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 OGFOD2-205ENST00000454694 1488 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 S100A16-203ENST00000368705 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 DIO1-206ENST00000525202 558 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 JOSD2-204ENST00000598418 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 SLC25A51-202ENST00000377716 1691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 TRIM61-201ENST00000329314 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 FLT1-207ENST00000615840 6453 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 HOXC10-201ENST00000303460 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 PHB2-203ENST00000535923 1515 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 HSD11B1L-205ENST00000422535 730 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 CARNS1-205ENST00000531040 2968 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 GOLPH3-201ENST00000265070 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 PEX16-202ENST00000378750 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 FAM206A-201ENST00000322940 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 POMZP3-201ENST00000275569 1259 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 PHB2-202ENST00000440277 996 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 AP006621.4-201ENST00000527021 532 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 AC010203.1-204ENST00000548782 407 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 UVSSA-207ENST00000511216 2927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 SERPINH1-215ENST00000533603 2299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 AC126763.1-201ENST00000552015 2118 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 KLHL29-203ENST00000486442 5287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 SARAF-214ENST00000545648 1976 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 CFL1-201ENST00000308162 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 CCNJL-205ENST00000519673 940 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 TRPM4-213ENST00000599628 1829 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS54Q9P1Q0 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.8 ms