Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 PSMC3IP-204ENST00000587209 1381 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 NOX4-207ENST00000525196 1555 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 CFC1B-203ENST00000620207 1444 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 KRTAP1-1-201ENST00000306271 903 ntAPPRIS P1 BASIC22.39■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 CSF3-203ENST00000394148 622 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 HIST2H3DP1-201ENST00000401004 416 ntBASIC22.39■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 THAP5-204ENST00000438865 868 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 AC010327.4-202ENST00000591484 748 ntBASIC22.39■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 TMEM128-201ENST00000254742 1737 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 STAP2-201ENST00000594605 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 AP000688.4-201ENST00000436303 446 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 HFE-210ENST00000470149 1123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 FAM57A-205ENST00000572018 373 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 AC027796.2-201ENST00000575326 344 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 AC064853.6-201ENST00000642029 303 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 AC023830.1-201ENST00000569678 1543 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 FLT3LG-204ENST00000595510 1301 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 AC034236.2-201ENST00000606662 1610 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 CBWD2-204ENST00000433343 1411 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 AC104109.2-201ENST00000602919 1418 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 ECSIT-202ENST00000270517 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 AC098831.1-202ENST00000438821 336 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 AC140113.2-201ENST00000604370 208 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 LINC01635-202ENST00000635097 1023 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 CHTOP-207ENST00000614256 1840 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 GLB1-201ENST00000307363 2616 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 HSPB1-201ENST00000248553 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 TSTD1-203ENST00000368024 457 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 AP000355.1-201ENST00000432032 480 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 RPS27L-204ENST00000455271 923 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 AC139749.1-201ENST00000534584 1094 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 AC145285.3-201ENST00000564603 959 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 FAM71E1-202ENST00000595790 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 AL356488.2-201ENST00000602755 427 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 IQSEC2-210ENST00000639161 936 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 HES2-202ENST00000377836 507 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 PAX3-208ENST00000409828 1254 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 UPF3AP3-201ENST00000420996 769 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 C21orf33-205ENST00000427803 1077 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 LINC00882-201ENST00000473636 710 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 IGHV3-22-201ENST00000520721 359 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 PAM16-208ENST00000573553 722 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 SNHG15-206ENST00000580528 1073 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 AP001160.2-201ENST00000596071 487 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 GUCA1A-205ENST00000541991 1921 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 LGALS12-201ENST00000255684 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.4 ms