Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY12

SCAPER, S phase cyclin A-associated protein in the endoplasmic reticulum, humanhuman

Predictions only

Length 1,400 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCAPERQ9BY12 AQP8-201ENST00000219660 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SCAPERQ9BY12 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SCAPERQ9BY12 STAP2-201ENST00000594605 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SCAPERQ9BY12 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SCAPERQ9BY12 ST8SIA5-202ENST00000536490 1499 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
SCAPERQ9BY12 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SCAPERQ9BY12 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SCAPERQ9BY12 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SCAPERQ9BY12 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SCAPERQ9BY12 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SCAPERQ9BY12 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SCAPERQ9BY12 CCS-201ENST00000310190 942 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
SCAPERQ9BY12 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SCAPERQ9BY12 HES2-202ENST00000377836 507 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
SCAPERQ9BY12 GLIPR1L1-202ENST00000378695 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SCAPERQ9BY12 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SCAPERQ9BY12 NUBP2-214ENST00000568706 913 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
SCAPERQ9BY12 AC055717.3-201ENST00000622967 595 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
SCAPERQ9BY12 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
SCAPERQ9BY12 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 GUCA1A-205ENST00000541991 1921 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 LINC01615-202ENST00000449466 603 ntTSL 3 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 AL049869.3-201ENST00000554918 558 ntTSL 3 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 AC099518.3-201ENST00000564808 809 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 CLEC11A-203ENST00000617718 1128 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 FOXP1-223ENST00000622151 429 ntTSL 3 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 ZNF259P1-201ENST00000407656 1365 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 AC023830.1-201ENST00000569678 1543 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 AC062028.1-203ENST00000447433 1472 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 CR559946.1-201ENST00000453835 531 ntTSL 4 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 AC145285.3-201ENST00000564603 959 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 AC116407.3-201ENST00000623905 1129 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 ANXA8-202ENST00000583448 1971 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 WDR45-206ENST00000376368 1381 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 RFX3-AS1-201ENST00000423112 552 ntTSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 ACYP2-209ENST00000607452 831 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 AL691403.2-201ENST00000618460 490 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 HIST2H3DP1-201ENST00000401004 416 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 METTL21A-205ENST00000426075 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 THAP5-204ENST00000438865 868 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 ECSIT-202ENST00000270517 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 FLT3LG-204ENST00000595510 1301 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 DHDH-201ENST00000221403 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 FTMT-201ENST00000321339 879 ntAPPRIS P1 BASIC28.03■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 AP000688.4-201ENST00000436303 446 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 AC013356.2-201ENST00000559730 729 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 ALKBH5-203ENST00000541285 1605 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 CFC1B-203ENST00000620207 1444 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SCAPERQ9BY12 PSMC3IP-204ENST00000587209 1381 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.6 ms