Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z3V4

UBE3B, Ubiquitin-protein ligase E3B, humanhuman

Predictions only

Length 1,068 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UBE3BQ7Z3V4 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
UBE3BQ7Z3V4 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
UBE3BQ7Z3V4 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
UBE3BQ7Z3V4 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
UBE3BQ7Z3V4 SGO1-209ENST00000442720 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
UBE3BQ7Z3V4 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
UBE3BQ7Z3V4 UNKL-202ENST00000301712 1431 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
UBE3BQ7Z3V4 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
UBE3BQ7Z3V4 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
UBE3BQ7Z3V4 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
UBE3BQ7Z3V4 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
UBE3BQ7Z3V4 Z98044.1-201ENST00000632503 1764 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
UBE3BQ7Z3V4 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
UBE3BQ7Z3V4 MIR4300HG-201ENST00000500502 1397 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
UBE3BQ7Z3V4 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
UBE3BQ7Z3V4 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
UBE3BQ7Z3V4 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC23.33■■□□□ 1.33
UBE3BQ7Z3V4 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
UBE3BQ7Z3V4 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
UBE3BQ7Z3V4 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 GIT1-201ENST00000225394 3768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 AC004080.2-201ENST00000523331 556 ntTSL 4 BASIC23.32■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 NAT14-202ENST00000587400 416 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 FAM3A-204ENST00000369643 1521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 FAR2P2-204ENST00000424873 2070 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 AL133410.2-201ENST00000425499 696 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 CSRP1-214ENST00000531916 890 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 VAV1-210ENST00000602142 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 IP6K1-204ENST00000468463 1815 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 AC008105.1-201ENST00000587534 2003 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 AC034238.1-212ENST00000596137 723 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
UBE3BQ7Z3V4 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.8 ms