Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 UBC-206ENST00000538617 1303 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 HIST1H2AI-201ENST00000358739 503 ntAPPRIS P1 BASIC28.16■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 PPIH-202ENST00000372549 327 ntTSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 BX276092.5-203ENST00000456199 560 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 AC079848.1-202ENST00000507924 444 ntTSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC28.16■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 TRMT2A-203ENST00000404751 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 TEPSIN-213ENST00000637944 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 CALB2-202ENST00000349553 1373 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 NECTIN3-AS1-204ENST00000476301 568 ntTSL 4 BASIC28.15■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 AL671883.3-201ENST00000603274 991 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 AP000547.2-201ENST00000609641 661 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 AL031008.1-201ENST00000619963 541 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.15■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 ING5-202ENST00000406941 946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC28.15■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 AL161669.1-201ENST00000559843 386 ntTSL 3 BASIC28.15■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 AC008481.3-201ENST00000585656 727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 LRRC23-209ENST00000443597 1628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 CDC42EP1-201ENST00000249014 2181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 CYGB-201ENST00000293230 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 RIPK2-201ENST00000220751 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC28.14■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 DRAXINP1-201ENST00000437611 948 ntBASIC28.14■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 AC079031.1-201ENST00000542627 1035 ntTSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 CIB2-208ENST00000560618 804 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 AP002414.4-201ENST00000589764 1148 ntBASIC28.14■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC28.14■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC28.14■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 MYOG-201ENST00000241651 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 PTPRN2-204ENST00000404321 1374 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 COL4A3BP-201ENST00000261415 2262 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 FKBP3-201ENST00000216330 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC28.13■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 PAQR4-204ENST00000574988 869 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 GPR32P1-201ENST00000601788 811 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 VPS37D-202ENST00000451519 1303 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 PTX4-201ENST00000293922 1422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 VKORC1-205ENST00000394975 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 DYDC2-206ENST00000444807 1173 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC28.12■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 CMPK1-205ENST00000471289 816 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 NAPSB-203ENST00000531692 561 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC28.12■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 AGPAT2-201ENST00000371694 1391 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 C11orf80-214ENST00000532565 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC28.12■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 IGHGP-201ENST00000390555 1178 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 AC105202.1-201ENST00000517833 995 ntTSL 3 BASIC28.11■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 ENDOV-225ENST00000522751 1475 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 STXBP2-201ENST00000221283 1876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
TCOF1Q13428 FBXO44-201ENST00000251546 1896 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
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