Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 VKORC1-205ENST00000394975 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 RPS14-203ENST00000407193 784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 MEF2B-202ENST00000409447 1297 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 RNF144A-AS1-205ENST00000439208 757 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 ANAPC11-217ENST00000579978 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 ARMC6-220ENST00000546344 1814 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 MON1A-202ENST00000417270 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 FBXO44-201ENST00000251546 1896 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 IGHGP-201ENST00000390555 1178 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 SNHG7-203ENST00000436596 509 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 NUS1P1-201ENST00000446295 882 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 TPSP2-201ENST00000561760 610 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 BIRC5-207ENST00000590449 568 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 AL121894.2-201ENST00000602977 491 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 AC024563.2-201ENST00000603282 481 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 VBP1-201ENST00000286428 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 VPS37D-202ENST00000451519 1303 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 C11orf80-214ENST00000532565 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 PSPC1-206ENST00000619300 2013 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 SLC50A1-201ENST00000303343 1137 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 PPIH-202ENST00000372549 327 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 GNAS-AS1-203ENST00000598163 548 ntTSL 4 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 CLN3-206ENST00000360019 1840 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 PFN1-201ENST00000225655 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 INS-201ENST00000250971 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 AC073111.4-202ENST00000486297 585 ntTSL 4 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 AC090616.6-201ENST00000582640 721 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 IL11-204ENST00000590625 1028 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 GPR32P1-201ENST00000601788 811 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 KRT18P1-202ENST00000452408 1331 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 CORO6-212ENST00000584969 1416 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 LINC01700-201ENST00000433952 1598 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 RELA-202ENST00000406246 2700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 ELMOD1-202ENST00000443271 1990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 ROMO1-205ENST00000397416 288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 AC113382.1-201ENST00000500267 1253 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 CIB2-208ENST00000560618 804 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 TNNT1-204ENST00000585321 995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 JMJD7-201ENST00000397299 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
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