Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 C22orf39-203ENST00000399568 1005 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 RPS2P1-201ENST00000434010 821 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 AL049569.1-201ENST00000446261 636 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 AC092910.1-201ENST00000482027 1129 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 KIAA0930-215ENST00000496226 589 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 RPS15-207ENST00000591032 550 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 AC008735.5-201ENST00000623544 497 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 TMEM216-201ENST00000334888 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 CHTOP-207ENST00000614256 1840 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 BRCC3-202ENST00000340647 1101 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 PIGU-202ENST00000374820 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 AC079781.4-201ENST00000641908 219 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 VKORC1-201ENST00000300851 876 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 METTL21A-202ENST00000406927 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 USP30-AS1-201ENST00000478808 656 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 AC026336.2-201ENST00000563922 763 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 AC005632.4-201ENST00000613759 431 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 DUSP15-204ENST00000398083 1212 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 POM121L12-201ENST00000408890 1283 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 TMUB1-204ENST00000476627 882 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 LHX5-AS1-201ENST00000551357 522 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 TMEM59L-201ENST00000262817 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 AC007967.2-201ENST00000432613 625 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 HLA-J-201ENST00000462773 1622 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 AC091180.3-201ENST00000506504 963 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 RNASEH2C-202ENST00000527610 835 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 GMDS-AS1-205ENST00000529893 900 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 WFDC1-203ENST00000568638 1319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 AP005117.1-201ENST00000584346 1413 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 AP002449.1-201ENST00000588211 474 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 HMGN3-203ENST00000620514 1010 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 HTD2-201ENST00000461393 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 SYT15-201ENST00000374321 1369 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 GSTO1-202ENST00000369713 972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 TRIM36-203ENST00000379618 693 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 AGTRAP-205ENST00000400895 786 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 RNA5SP416-201ENST00000516838 111 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 MRPL10-203ENST00000414011 1622 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 GMPR-201ENST00000259727 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 C6orf141-206ENST00000529246 1450 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.12
SCN4AP35499 WDR18-204ENST00000587001 1465 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
SCN4AP35499 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SCN4AP35499 MED16-201ENST00000269814 1199 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
SCN4AP35499 DPM3-201ENST00000341298 486 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
SCN4AP35499 RAB17-203ENST00000409576 466 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.12
SCN4AP35499 AC063976.1-201ENST00000457890 381 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
SCN4AP35499 AP001107.6-201ENST00000526655 516 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.12
SCN4AP35499 MTUS2-205ENST00000542829 1165 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SCN4AP35499 LDLRAD2-203ENST00000543870 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SCN4AP35499 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN4AP35499 ETV7-204ENST00000373738 1570 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN4AP35499 DNAJC28-203ENST00000402202 1480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN4AP35499 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75.5 ms